بررسي تغييرات ترانسكريپتوم برنج در مرحله گياهچه‌اي در پاسخ به تنش خشكي

خشكي به عنوان مهم‌ترين و رايج‌ترين تنش محيطي در جهان به شمار مي‌رود. اين تنش طيف وسيعي از ژن‌ها كه در شرايط تنش درگير هستند را القا مي‌كند. آناليز عملكردي اين ژن‌ها فهم ما را در رابطه با مكانيسم‌هاي مولكولي كنترل كننده تحمل و پاسخ به تنش خشكي در گياهان افزايش مي‌دهد و در نهايت مي‌توان از آن براي بهبود ژنتيكي ارقام حساس به تنش خشكي بهره برد. به همين دليل در اين مطالعه تغييرات ترانسكريپتوم برنج در پاسخ به تنش خشكي بررسي گرديد. ابتدا داده‌هاي خام ميكرواري مربوط به شرايط تنش خشكي و شاهد از پايگاه داده GEO گرفته شدند. در اين مطالعه براي تعيين تغييرات ترانسكريپتوم برنج، بعد از رشد گياهچه‌ها در محيط هيدروپونيك و تيمار با تنش خشكي (با نگه داشتن گياهچه‌ها به مدت 24 ساعت در خارج از محيط كشت)، RNA كل از بافت برگ تحت شرايط تنش و شاهد در دو تكرار استخراج شده است. پس از نرمال سازي داده‌ها، به منظور تعيين تفاوت‌هاي معني‌دار بين شرايط تنش و شاهد، از آزمون t-test استفاده شد و در نهايت شبكه ژني رسم گرديد. بر اساس نتايج، از بين 1354896 ژن، به ترتيب 778 و 693 ژن در سطح احتمال 5 درصد، حداقل هفت برابر كاهش و افزايش بيان نسبت به شاهد داشتند. آناليز عملكردي نشان داد كه بيش از 16 درصد از اين ژن‌ها در پاسخ به شرايط تنش و بقيه ژن‌ها در توليد پروتئين‌هاي عملكردي از قبيل چاپرون‌ها، پروتئين‌هاي وفور جنين‌زايي تاخيري و دهيدرين‌ها درگير هستند.