شماره ركورد كنفرانس :
4678
عنوان مقاله :
ارزيابي عملكرد نرم‌افزارهاي سرهم‌بندي ترنسكريپتوم در گياه ماميران كبير (.Chelidonium majus L)
پديدآورندگان :
پورمظاهري هلن h.poormazaheri@gmail.com دانش آموخته دكتري، دانشجوي دكتري، پرديس كشاورزي و منابع طبيعي، دانشگاه تهران، كرج , واحدي مريم دانش آموخته دكتري، دانشجوي دكتري، پرديس كشاورزي و منابع طبيعي، دانشگاه تهران، كرج
كليدواژه :
توالي يابي RNA , سرهم‌بندي , ماميران كبير , BinPacker.
عنوان كنفرانس :
سومين كنگره بين المللي و پانزدهمين كنگره ملي علوم زراعت و اصلاح نباتات ايران
چكيده فارسي :
ماميران كبير (Chelidonium majus L.) گياهي چندساله از خانواده خشخاش مي باشد. اين گياه به علت دارا بودن منبع غني از آلكالوئيدهاي ايزوكويينولين، كليدونين و بربرين شناخته شده است. عليرغم ويژگي ها و ارزش اقتصادي اين گياه دارويي، اطلاعات ژنومي و ترنسكريپتومي اندكي در مورد اين گياه وجود دارد. با پيشرفت هاي سريع بوجود آمده در توالي يابي نسل بعد، توالي يابيRNA ابزار قدرتمندتر و ارزان تري در مطالعات ترنسكريپتوم شده است. سرهم‌بندي ترنسكريپتوم ها از تعداد بي‌شمار خوانش‌هاي كوتاه منبعي غني براي مطالعه گونه‌هايي كه ژنوم مرجع آن‌ها در دسترس نيست فراهم مي‌كند. توالي يابي دقيق و سرهم بندي قابل اعتماد در داده-هاي ترنسكريپتوم، براي آناليزهاي پايين دست ضروري مي باشد. در اين مطالعه كارايي نرم‌افزارهاي مختلف سرهم‌بندي با توجه به فاكتورهاي اصلي، مورد مقايسه قرار گرفتند. نتايج نشان داد كه BinPacker به‌عنوان نرم‌افزار مناسب جهت سرهم‌بندي قرائت هاي ترنسكريپتوم ماميران كبير مي باشد. نتايج حاصل از اين تحقيق مي‌تواند در جهت انتخاب بهتر نرم‌افزار سرهم‌بندي راهكارهايي را ارائه نمايد.
