شماره ركورد كنفرانس :
4699
عنوان مقاله :
تحليل مقايسه اي ترانسكريپتوم گياه دارويي هندوانه ابوجهل (Citrullus colocinthis) در مقابل ژنوم مرجع گونه هاي مختلف خانواده كدوييان
پديدآورندگان :
درافشان معصومه دانشجوي كارشناسي ارشد، گروه ژنتيك و به نژادي گياهي، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامي، اهواز , سلطاني حويزه مهدي Soltani.m@iauahvaz.ac.ir عضو هيئت علمي، گروه ژنتيك و به نژادي گياهي، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامي، اهواز , شريعتي وحيد عضو هيئت علمي، پژوهشگاه ملي مهندسي ژنتيك و زيست فناوري، تهران
كليدواژه :
هندوانه ابوجهل , ترانسكريپتوم , توالي يابي RNA , بلاست ايكس , نمودار Venn
عنوان كنفرانس :
اولين همايش ملي علوم كشاورزي و زيست محيطي ايران
چكيده فارسي :
خانواده كدوييان يكي از مهم ترين و بزرگ ترين خانواده هاي شناخته شده در سراسر جهان مي باشد. در مقايسه با گونه هاي مهم اين خانواده از جمله Citrullus، Cucumis، Cucurbita و Momordica، گياه دارويي هندوانه ابوجهل داراي سطوح بالاتري از آنتي اكسيدان بوده كه در پيشگيري از بيماري هاي قلبي عروقي، ديابت و سرطان مفيد است. توالي يابي RNA، براي مطالعات ژنتيكي ترانسكريپتوم گياه دارويي هندوانه ابوجهل با استفاده از بن سازه Iluumina HiSeq2500 اجرا گرديد. خوانش هاي خام با استفاده از نرم افزارهاي FastQC و Trimmomatic كنترل كيفيت شده و خوانش هاي داراي كيفيت بالا با تعداد 22,238,150 توليد كرد. خوانش ها با استفاده از برنامه ي نوپديد Evidential-gene يكپارچه سازي شده كه تعداد 55,311 تك-ژن حاصل گرديد. تك ژن هاي يك پارچه شده هندوانه ي ابوجهل با استفاده از بلاست ايكس عليه پنج گونه ي خانواده كدوييان از جمله هندوانه گرد (Clan)، هندوانه چارلستون گري (WCG)، خيار چنبر تلخ (Mcha)، خيار چيني بلند (Csat) و خربزه (Cmel) با احتمال خطاي كم تر از يك صد هزارم بلاست شدند. ترسيم نمودار Venn از نتايج بلاست ايكس عليه ژنوم هاي مختلف با استفاده از نرم افزار Venny صورت گرفت. نتايج بلاست پوشش گسترده ترانسكريپتوم هندوانه ابوجهل را نشان داد. ادغام نتايج حاصل از ژنوم مرجع گونه هاي خانواده كدوييان مانند هندوانه گرد، هندوانه چارلستون گري، خيار چنبر تلخ، خيار چيني بلند و خربزه تعداد 32,533 تك ژن را به اشتراك گذاشتند. تك ژن هاي شناسايي شده در اين تحقيق، درصد تفسير بالاتري عليه ژنوم مرجع هندوانه چارلستون گري (WCG) در مقايسه با ژنوم مرجع ساير گياهان خانواده كدوييان داشت. سطوح شباهت ژني مي تواند با هدف پيش برد ايجاد ژنوم مرجع هندوانه ابوجهل، درك مكانيسم هاي تكاملي گسترش يا ادغام خانواده هاي مهم ژني و حفاظت تكاملي بين گونه اي در مطالعات ژنتيكي و دست افزار كار به نژادگران مورد استفاده قرار بگيرد.
