جداسازي و بررسي In silico نقش ژن كانديد در ميانكنش ميزبان- گل جاليز (Phelipanche aegyptiaca)

Isolation and in silico analysis of candidate gene in host- Phelipanche aegyptiaca interaction

گونه‌هاي گل جاليز (Orobanche spp)، انگل مطلق ريشه، گل دهنده و عاري از كلروفيل هستند، كه با اتصال به ريشه ميزبان، خسارت جبران ناپذيري به گياه وارد مي¬كنند. در اين بين، گل¬جاليز مصري (P. aegyptiaca) يكي از مهمترين گونه‌هاي گل¬جاليز مي‌باشد كه خسارت پنهان آن به انواع گياهان زراعي، بسيار قابل توجه و گاهي جبران ناپذير است. با توجه به اهميت مطالعه جنبه هاي مولكولي ميانكنش انگل- ميزبان و روشن شدن مكانيسم هاي مولكولي كليدي اين ميانكنش داده هاي RNA-Seq موجود آناليز شد. نتايج تجزيه و تحليل ترنسكريپتوم، منجر به شناسايي 24 ژن احتمالي با تغييرات بيان معني¬دار در مقايسه با مرحله جوانه زني (G0) و استقرار (G3) گرديد. از بين ژنهاي شناسايي شده احتمالي يك رونوشت ژن با كاركرد نامشخص و همراه با سطح بيان بالا در تجزيه و تحليل RNA-Seq شناسايي گرديد. براي تشخيص نقش احتمالي اين رونوشت در فرايند انگلي شدن گل جاليز، توالي كامل آن با استفاده از روش پيمايش ژنومي به دست آمد. تجزيه تحليل بيوانفورماتيكي اين توالي كامل، دامين هاي ترنسپوزاز و Zinc finger را نشان داد كه احتمالا نقش تنظيمي در فرايند انگلي شدن دارند.

Broomrape (Phelipanche aegyptiaca) is one of the most important parasitic species, which causes significant yield loss in different on crops by colonizing roots and uptaking nutrients from the host plants. We analyzed RNA-seq data derived from Imbibed broomrape seeds and haustoria formation stages to find genes with possible role in parasitism. The analysis revealed 24 differentially expressed transcripts. One of the transcripts with high fold change in expression was an unannotated transcript. In order to predict possible roles of this transcript in broomrape-host interactions, we obtained full length of the transcript by using genome walking method. Bioinformatic analysis on full length sequence identified transposase and zinc finger domains in this sequence, which may have regularity role in parasitic process. Future functional analyses are required to get a better understanding of molecular function of this gene in haustoria formation and establishment of parastisim.