استفاده از الگوريتم ژنتيك و الگوريتم جستجوي اول عمق براي كشف مسيرهاي Gold Standard در شبكه برهمكنش پروتئين_پروتئين مخمر

Use of Genetic Algorithm and Depth-First Search Algorithm to Discovery of the Gold Standard Pathways in Protein–Protein Interactions Network in Yeast

همه ‌پروتئين‌ها با هم برهمكنش دارند. كشف برهمكنش پروتئين‌‌ها در داخل سلول مي‌تواند نقطه شروع براي درك مسيرهاي بيولوژيكي را فراهم ‌كند. مسيرهاي بيولوژيكي نقش مهمي در درك فعاليت هاي سلولي بازي مي كنند. دانستن ساختار چهارم پروتئين بسيار مهم است چراكه رفتارسلولي وتمامي فعاليت‌هايي كه در سلول انجام مي‌شود بر عهده پروتئين‌ها است. در اين مقاله، روشي براي پيدا كردن مسيرهاي بين پروتئين‌هاي Gold Standard پيشنهاد مي‌كنيم كه براي پيدا كردن مسيرها، لازم است اتصالات بين پروتئين‌ها جهت‌دار گردد. در اين مقاله، با استفاده از الگوريتم ژنتيك، بهترين مسير بين پروتئين‌ها در شبكه برهمكنش پروتئين_پروتئين مخمر را پيدا مي‌كنيم. نتايج حاصل از شبيه‌سازي اين الگوريتم با توجه به وزن مسير و مقدار تابع هدف نشان مي دهد كه الگوريتم پيشنهادي ما، راه حل مناسب‌تري براي جهت‌يابي است.

All proteins interact with each other. Discovery of the protein interactions that take place within a cell can provide a starting point for understanding biological regulatory pathways. Biological pathways play the most important role in understanding the cellular activities. Knowing the fourth structure of the protein is very important because the cellular function and all the activities that are performed in the cell are responsible for the proteins. In this paper, we suggest a method to find the paths between the Gold Standard proteins, which is necessary to be directional the connections between proteins for finding these pathways. In this paper, we find the best pathway between proteins in the protein-protein interaction protein network by using the genetic algorithm. The results of the simulation of this algorithm with respect to the path weights and the value of the objective function indicate that our proposed algorithm is a more appropriate way to orient.