بررسي صحت پيش‌بيني ژنومي در معماري‌هاي مختلف صفات كمي و آستانه‌اي با استفاده از روش جنگل تصادفي

به‌علت ناخوانا بودن نسبتي از ژنوتيپ‌ها، پيش‌بيني دقيق صحت ژنومي نيازمند برآورد اين نشانگرها از طريق جانهي مي¬باشد. در نتيجه هدف اين تحقيق برآورد صحت جانهي و عوامل موثر برآن وارزيابي صحت ژنومي روش جنگل تصادفي براي معماري¬هاي مختلف ژنومي در صفات كمي و آستانه‌اي دودويي بود. در فاز اول، داده¬هاي ژنومي از طريق نرم افزار QMSimبا سطوح متفاوت وراثت‌پذيري (05/0 و 25/0)، سطوح مختلف LD(كم و زياد) و تراكم‌هاي متفاوت جايگاه‌هاي صفات كمي (96 و 960) و تعداد 48 كروموزم شبيه‌سازي شدند. در فاز دوم، براي شبيه¬سازي شرايط واقعي، بطور تصادفي اقدام به حذف (50 و 90 درصد) برخي نشانگر نموده و در مرحله بعد از طريق نرم افزار Flmputeاقدام به جانهي و پيش‌بيني نقاط گم شده نموده و صحت جانهي مورد ارزيابي قرار گرفت. در فاز سوم، دادهاي اصلي و جانهي با استفاده از روش جنگل تصادفي جهت ارزيابي صحت ژنومي صفات كمي و آستانه‌اي استفاده شدند. نتايح نشان داد كه با افزايش سطح LD صحت جانهي بهبود مي¬يابد. با افزايش نسبت حذف نشانگرها (90 درصد)، اثر صحت جانهي بر صحت پيش¬بيني ژنومي پررنگتر بود. در صفات آستانه‌اي، سناريوي با حد بالاي QTL، LDو وراثت پذيري و در صفات پيوسته، سناريوي با حد بالاي LDو وراثت پذيري و حد پايين QTLبيشترين صحت پيش‌بيني ژنومي را در روش جنگل تصادفي به خود اختصاص دادند.