بررسي ديناميك پروتئين در سطح گرافن با استفاده از ديناميك مولكولي

Investigation of protein dynamics on graphene surface via Molecular Dynamics

در اين مطالعه با استفاده از شبيه سازي ديناميك مولكولي، برهم كنش خودبخودي و مفيد شدن پروتئين 20TQ به سطح گرافن را مورد بررسي قرار داديم . سيستم شامل پروتئين و گرافن بود كه در دو حالت در حضور آب و بدون حضور آب بررسي شد. كميتهاي متفاوتي از جمله انرژي برهم كنشي واندروالسي بين پروتئين و گرافن، فاصله بين مركز جرم پروتئين در سطح گرافن و همچنين محل حضور پروتئين را روي گرافن محاسبه كرده ايم. نتايج نشان داد كه پروتئين در سطح گرافن مقيد مي شود و سپس شعاع ژيراسيون آن افزايش پيدا ميكند . در طول اين فرآيند نشان داده ميشود انرژي برهم كنشي واندروالسي نقش مهمي در مقيد شدن خودبخودي پروتئين به سطح گرافن دارد.

In this study, interaction and bonding of2OTQ protein tographne sheet have investigated using Molecular Dynamics simulation. The system includes a proteinand graphene sheetwas investigated in two cases: with water and without water.Van der Waals energy,Gyration radius, distance of protein center of mass from graphenesurface and position of protein on graphene sheet studied.The results showed that protein bonded to grapheneandthen graphenegyration radius increased.Van der Waals energywas important for protein bonding to graphene.