بررسي و بهينه سازي كدون هاي نادر ژن فيتاز باكتري YersiniaIntermedia به منظور افزايش ميزان بيان آن در باكتري Escherichia Coli

هدف: به منظور داشتن بيشترين بيان ژن فيتاز باكتري Intermedia Yersinia در باكتري E.coli ،كدون هاي رايج در intermedia . Y كه براي E.coli نادر هستند، بايد به نحو موثري تعويض گردند. براي رسيدن به اين هدف از يك سري نرم افزارهاي تحت وب استفاده شده است. روش: با استفاده از سايت E. coli Codon Usage Analysis 2.0 كدون هاي رايج در Yersinia كه براي E.coli نادرند، تعيين شدند. در مرحله بعد با مراجعه به سايت Optimizer كه يك نرم افزار تحت وب به منظور بهينه سازي Codonusage است، تغييراتي بر روي نوع كدون هاي توالي مزبور صورت گرفته و سپس ميزان بيان با (Codon AdaptationIndex) CAI درصد GC و تعداد Negative CIS elements و Negative repeat elements آن توسط نرم افزار تحت وب ديگري به نام Gene Script بررسي شد. نتيجه تحقيق: با استفاده از روش هاي مذكور ، ميزان CAI از 0/63 به 0/80 رسيد و درصد GC به 51/50 وميزان كدون هاي نادر E.coli موجود در توالي اوليه به صفر رسيد.