پيش گويي ساختار دومم و سوم پروتئين ompc در نايسريا مننژيتيديس

باكتري نايسريا مننژيتديس (مننگوكوك) باكتري گرم منفي شايعي است كه علت اصلي مننژيت باكتريايي كودكان مي باشد OMPC تركيبي پروتئيني در غشاي خارجي اين باكتري است كه بعنوان يك پروتئين حامل (carrier) در غشا بوده كه نقش مهمي را در نقل و انتقال مواد در عرض عشاي سلول بازي مي كند . پيش بيني مي شود توليد آنتي بادي بر عليه اين پروتئين خارجي سلولي بتواند مسير جذب مواد غذايي ضروري مورد نياز باكتري را مسدود كرده و سبب مرگ باكتري گردد . ساختار دوم و سوم پروتئين براي آنتي باديها و سلولهاي B اهميت دارد و اكثر اپيتوپهاي سلول B در ساختار پيجهاي بتا (Betaturns ) قرار دارند . در انتخاب بخشي از پروتئين كه داراي خاصيت اپيتوپي بوده و بتوان آن را به عنوان واكسن انتخاب نمود ، بنابراين ساختار دوم و سوم پروتئين مي تواند يكي از معيارهاي گزيسش باشد . از ابزارهاي بيوانفورماتيكي مي توان براي پيش بيني ساختار دوم بهره برد . نرم افزار Phyre2 براي پيش گويي ساختار دوم و سوم پروتئين و نرم افزار PROSA براي ارزيابي ساختار سه بعدي پيش گويي شده مورد استفاده قرار گرفت . Z score ساختار پيش گويي شده در محدوده ساختار هاي كريستالوگرافي شده بانك PDB ارزيابي گرديد.