بررسي بيوانفورماتيكي آثر متقابل پپتيد CLF36 با پروتين سطحي ويروس مولد اسهال گوسالهBovine coronaviruses در سطح ديناميكي

Bioinformatics study of the interaction of CLF36 peptide with virus surface protein causes diarrhea of Bovine coronaviruses at dynamic level

شبيه‌سازي ديناميك مولكولي (MD) دانشي است كه از تركيب علوم زيستي، شيمي و روش‌ها و الگوريتم‌هاي متنوع رايانه‌اي رياضياتي استفاده مي‌كند. اين تكنيك جهت طراحي پيشرفته دارو، واكسن، آنتي‌بادي، پروتئين يا پپتيد و ساير ماكرو و ميكرو مولكول‌هاي بكار برده مي‌شود. اسهال گوساله يكي از بيماريهاي است كه عوامل متعدد ويروسي، باكتريايي و انگلي در بروز آن نقش دارند. كروناويروس يكي از عوامل مهم در بروز اين سندرم مي باشد. از سال 1969 ميلادي به بعد براي نشان دادن حضور ويروس در نمونه هاي مدفوع گوساله هاي مبتلا به اسهال استفاده از ميكروسكوپ الكتروني به عنوان يكي از روش هاي تشخيصي مورد توجه قرار گرفت. هدف از اين تحقيق كه اثر متقابل بين پپتيد CLF36وپروتين كروناويروس با روش كمبيوتري بررسي مي شود. در اين مطالعه توالي اسيدآمينه پروتين كروناويروس گرفته شد و با استفاده از نرم افزارهاي مختلف و با استفاده از نرم افزار Cluspro 2.0 داكينگ مولكولي بين كروناويروس وپيبتيد لاكتوفرين شتري مهندسي شده انجام شد سپس در محيط لنوكس وبا استفاده از كرومكس مدل مورد نظر شبيه سازي انجام گرديد. نتايج به دست آمده نشان داد كه بيشترين طول پيوند2/5 و كمترين 1/7بود كه اين باعث مي‌شود ارتباط بين دو پروتين قوي ومستحكم بود كه ممكن است اين ارتباط پايدار بودو به واقعيت نزديك است. و مدل شبيه سازي كه در محيط in silico مي‌تواند درجهت اعمال درماني هم براي طراحي داروها استفاده خواهد شد.

Molecular dynamics (MD) simulation is the knowledge that combines biological science, chemistry, and various computer mathematical methods and algorithms. Simulation of molecular dynamics (MD) is a knowledge that a combination of biological sciences, chemistry and mathematical methods and algorithms computer variety. This advanced technique is used for advanced design of drugs, vaccines, antibodies, proteins or peptides and other macros and micro molecules. Calf scours is one of several factors for viral diseases, bacterial and parasitic involved in its development. Coronavirus is one of the major causes of this syndrome. Since 1969, electron microscopy has been considered as one of the diagnostic methods to show the presence of virus in fecal samples of diarrhea calves. The aim of this study was to investigate the interaction between the peptide CLF36 peptide and the coronavirus protein by computer method. In this study, the amino acid sequence of the coronavirus protein was determined and using software Cluspro 2.0 molecular docking was performed between coronavirus and engineered camel lactoferrin. Then, in the Linux environment, the simulation model was performed using the PROMX model. The results showed that the highest bond length was 2.5 and the lowest 1.7 and this makes the connection between the two proteins strong and robust That may have been a lasting connection an‎d is close to reality and simulation model in silico that can be used in designing drugs in therapeutic environment.