شناسايي واريانت‌هاي آللي ژن ATF3 در گاو‌‌هاي هلشتاين با استفاده از روش iPLEX

The identification of allelic variants of ATF3 gene in Holstein cows using e iPLEX method

هدف از پژوهش حاضر، شناسايي فرم‌‌هاي مختلف آللي و برآورد شاخصه‌‌هاي ژنتيك جمعيت در دو جايگاه چند ‌شكلي تك نوكلئوتيدي rs209694892 ,(SNP) وrs207598277 ژن ATF3 (activating transcription factor 3) با روش iPLEX در گاو‌هاي هلشتاين بود. پس از خونگيري از 384 رأس گاو، استخراج DNA با روش بهينه يافته نمكي انجام شد. براي تعيين كيفيت DNA استخراج شده، از الكتروفورز روي ژل آگارز و به منظور تعيين ژنوتيپ جايگاه‌‌هاي مورد مطالعه از روش Mass Array (iPLEX) استفاده شد. براي برآورد وفور آللي و ژنوتيپي از نرم افزار POPGENE استفاده شد. در اين پژوهش فراواني آلل‌‌هاي C و T براي جايگاه rs209694892 به ترتيب برابر با 8602/0 و 1398/0 و فراواني ژنوتيپ‌هاي CC، CT و TT، در جايگاه مورد مطالعه، به ترتيب برابر با 729/0، 260/0 و 009/0 محاسبه گرديد همچنين در جايگاه rs207598277 فراواني آلل‌هاي C و T به ترتيب 8608/0 و 1392/0 و فراواني ژنوتيپ‌هاي CC، CT و TT به ترتيب 0/731، 0/259 و 0/009 برآورد شدند.

The purpose of the present study was to identify different allelic forms and to calculate population genetic indices in two SNPs (single nucleotide polymorphism) of rs209694892 and rs207598277 of the ATF3 gene in Holstein cows using iPlex method. After blood sampling from 384 cows, DNA extraction was performed using optimized salting out method. For determining the quality of extracted DNA and genotyping of samples, Agarose gel electrophoresis and Mass Array (iPLEX) method were used. The POPGENE software was used for determinining of allelic and genotypic frequency. In the present study, the frequencies of C and T alleles in rs209694892 were 0.8602 and 0.1398, respectively and the frequency of CC, CT and TT genotypes were 0.729, 0.260 and 0.009, respectively. Also, in rs207598277, the frequencies of C and T alleles were determined as 0.8608 and 0.1392, respectively and the frequency of CC, CT and TT genotypes were 0.731, 0.259 and 0.009, respectively.