شناسايي واريانت هاي آللي ژن CD14 مرتبط با صفات توليدي در گاو هلشتاين با تكنيك iPLEX

Identification of allelic varieties of CD14 gene associated with production traits in Holstein cattle with iPLEX technique

در صنعت گاو شيري ارزش گذاري و انتخاب دام هاي برتر بيشتر متوجه دام هايي است كه داراي توان توليد شير، درصد چربي و پروتئين بيشتر باشند. براي اثبات اين مطلب مي توان به شاخص بسيار مهم و تاثير گذار در ليست فهرست گاوهاي نر مولد براي مثال شاخص شايستگي خالص طول عمر بر مبناي دلار (LNM$ ) اشاره كرد. در نتيجه تلاش در جهت بهبود اين صفات به طور همزمان و در كنار آن حفظ ميزان توليد و حتي توليد شير بيشتر، بايد مورد توجه قرار گيرد. هدف از اين پژوهش شناسايي واريانت هاي آللي در ژن CD14مرتبط با صفات توليدي در گاو هلشتاين بود. تعداد 384 نمونه خون گاوهاي هلشتاين از شركت شير و گوشت مهدشت تهيه و با رعايت حفظ زنجيره سرد به آزمايشگاه منتقل در دماي 20- درجه نگهداري شدند. DNA نمونه ها با استفاده از روش نمكي بهينه يافته استخراج شد. ارزيابي كيفيت DNA هاي استخراج شده با استفاده از الكتروفورز ژل آگارز 8/0 درصد و تعيين ژنوتيپ نمونه ها با استفاده از تكنيك Mass ARRAY iPLEX sequenome انجام شد. براي ارزيابي فراواني آللي از نرم افزار POP GENE 3.2 نسخه 3.2 استفاده شد. تعيين ژنوتيپ SNP هاي مورد برسي ژن CD14 براي جايگاه هاي نشانگري SNP1 : rs109621328[C/T] و SNP2 : rs210926199[G/T] انجام گرفت. فراواني‌هاي آللي در جايگاه SNP1 براي هر يك از آلل هاي C و T به ترتيب برابر با 0.07 و 93/0 بود . فراواني آللي در جايگاه SNP2 براي آلل G (0/01) و آلل T (0/99) برآورد شدند

In the dairy industry, the highest livestock valuation and selection is more concerned with cows that have higher milk production, fat and protein content. In order to prove this, we can point to a very important and influential indicator in male reproductive cattle catalogs list Such as dollar-denominated net worthlessness index (LNM $). As a result, attempts to improve these traits simultaneously, along with maintaining the amount of production and even more milk production, should be considered. The purpose of this study was to identify allelic varieties in the CD14 gene associated with fertility traits in Holstein cattle. Therefore, 384 blood samples were collected from Mahdasht Milk and Meat Company. The blood samples were stored at -20 °C. Then, the DNA of the blood samples was extracted using an optimized saline method. The quality of extracted DNA was evaluated using 0.8% agarose gel electrophoresis. Determination of the genotype of the specimens was performed using the Mass ARRAY iPLEX sequenome technique. The POP GENE 3.2 3.2 software was then used to evaluate the frequency of the alleles. Frequency of the SNP genotype at SNP1: rs109621328 [C / T] and SNP2: rs210926199 [G / T] marker sites in the CD14 gene were reported. The prevalence of 1 C and T alleles at SNPi site were 0.07 and 0.93, respectively. 0.0.01 The frequency of G and T alleles at SNP2 site were 0.01 and 0/99, respectively. Also, the observed genotype frequency of TT, TC and CC genotypes at SNP1 site were determined as 0.87, 0.12. and 0.01, respectively. Also genotype TT, GT and GG genotypic frequency at SNP2 marker site were calculated as 0.98, 0.02 and 0, respectively.