شناسايي واريانت هاي آللي ژن COQ9 مرتبط با صفات باروري در گاو هلشتاين با تكنيك iPLEX

Identification of allelic varieties in the COQ9 gene associated with fertility traits in Holstein cattle with iPLEX technique

هدف از اين پژوهش شناسايي واريانت هاي آللي در ژنCOQ9 مرتبط با صفات باروري در گاو هلشتاين بود. تعداد 384 نمونه خون از گاوهاي شيري هلشتاين تهيه و با حفظ زنجيره سرد به آزمايشگاه منتقل و در دماي 20- درجه نگهداري شدند. DNA با استفاده از روش نمكي بهينه يافته استخراج شد. ارزيابي كيفيت DNA هاي استخراج شده با استفاده از الكتروفورز ژل آگارژ 0/8 درصد و تعيين ژنوتيپ نمونه ها با استفاده از تكنيك Mass ARRAY iPLEX sequenome انجام شد. فراواني آللي و ژنوتيپي با استفاده از نرم افزار POP GENE 3.2 نسخه 3.2 انجام گرفت. فراواني اللي در جايگاه SNP1 براي هر يك از آلل هاي A و G به ترتيب برابر با 0.55 A و 0.45 بود. در جايگاه SNP2 به دليل مونومورف بودن تنها آلل G مشاهده شد. فراواني ژنوتيپي مشاهده شده در جايگاه SNP1 براي ژنوتيپ هاي AA، AGو GG به ترتيب برابر با 0.30، 0.51 و 0.19 اما در جايگاه SNP2 به دليل مونومورف بودن تنها د تنها ژنوتيپ GG مشاهده شد.

The purpose of this study was to identify allelic varieties in the COQ9 gene associated with fertility traits in Holstein cattle. Therefore, 384 blood samples were collected from Holstein cattle and were stored at -20 ° C. The DNA of the samples were extracted using an optimized salting out method. The quality of extracted DNA was evaluated using 0.8% agarose gel electrophoresis. Determination of the genotype of the specimens was performed using the Mass ARRAY iPLEX sequenome technique. The POP GENE 3.2 3.2 software was then used to evaluate the frequency of the allele. The allele frequency at SNP1 marker site showed two alleles of A and G with the frequency of 0.55 and 0.45, respectively. Only one allele of G was found at SNP2 marker site. The observed SNP1 marker site genotype. The frequency of AA, AG, and GG genotypes at SNP1 marker site was 0.30, 0.51, and 0.19, respectively. However, SNP2 showed only GG genotype due to the monomorph pattern of this site.