تجزيه فيلوژني ژن نوروپپتيد vf در برخي از گونه‌هاي پستانداران

Phylogenetic Analysis of the Neuropeptide VF Gene in Some Mammalian Species

در اين مطالعه حاضر روند تكامل ژن نوروپپتيد vf در گوسفند، آناليز فيلوژني و روند انتخاب طبيعي در طي تكامل اين ژن بررسي شد. توالي ژني vf در گوسفند، گاو، بز، بوفالو و گاوميش هم‌تراز شدند. درصد جانشيني و جايگزيني نوكلئوتيدها بر اساس جستجو در بانك اطلاعاتي NCBI با استفاده از روش حداكثر درست نمايي انجام شد و سپس ترسيم درخت فيلوژنتيك و تعيين روند انتخاب طبيعي حاصل از مطالعات بيوانفورماتيك انجام پذيرفت. نتايج نشان داد درصد جانشيني بازهاي پيريميديني بيشتر از بازهاي پوريني بود، هم‌چنين نسبت dN/dS نيز محاسبه شد كه نشان دهنده‌ي انتخاب مثبت در طي تكامل اين ژن‌ها است. اين نوع dN/dS پوريني بوده است. درخت فيلوژنتيك براي ژن مذكور در موجودات مختلف مورد مطالعه نشان مي‌دهد كه پروتئين vf در اين جانداران بر اساس مسير تكاملي خود به دو شاخه مجزا تقسيم مي‌شود، كه در يك دسته در موجودات مورد مطالعه با درصد شباهت بيشتر قرار گرفته است.

In this study, the evolutionary trend, phylogeny and natural selection process during the evolution of the vf gene in sheep, were investigated. The vf gene sequence in sheep, cows, goats, and buffalo were aligned. Nucleotide substitution and replacement percentages was done based on the Genome Database Search (NCBI) using maximum likelihood method and phylogenetic tree mapping and natural selection process were investigated using bioinformatics analyses. The replacement percentage of pyrimidine bases was greater than the purines. The dN/dS ratio indicated a positive selection during the evolution of the gene. This type of dN / dS was purine. The phylogenetic tree of the gene in different species shows that, the vf protein in different species is divided into two distinct groups based on their evolutionary pathway, with one similarity in the studied.