ديناميك مولكولي پپتيد CLF36 با پروتئين BVD

Molecular docking of Clf36 peptide with E2

اسهال ويروسي گاو (Bovine Viral Diarrhea) يكي از بيماري‌هاي ويروسي بسيار مهم در گاو است كه بوسيله‌ي يك پستي ويروس (BVDV) از خانواده فلاوي ويريده، ايجاد مي‌شود. اين بيماري موجب كاهش اقتصاد گله‌هاي آلوده از طريق تاثير مستقيم بر عملكرد توليدمثل، توليد شير و رشد حيوان مي‌‌شود. پروتئين E2 مهمترين پروتئين ساختماني اين ويروس در القاي پاسخ ايمني محافظت‌كننده است. هدف از اين پژوهش مقايسه اثر پروتئين E2 و پپتيد Clf36 مهندسي شده در شرايط ديناميك و در نهايت معرفي بهترين تركيب پروتئين با پپتيد در مبارزه با بيماري اسهال ويروسي گاو است. بدين منظور، توالي پروتيئنBVD وCLF36 هاي مهندسي شده از سايت NCBI دانلود و براي پيش‌بيني ساختار سه بعدي آن‌ها از نرم‌افزار آنلاين Swiss-model استفاده شد و سپس ساختارها با استفاده از نرم‌افزارهاي آنلاين ويرايش و ارزيابي شدند. برهمكنش پپتيد CLF36 با پروتئين سطحي ويروس BVD، B2، با استفاده از نرم‌افزار آنلاين ClusPro2.0 صورت گرفت. نتايج برهمكنش پروتئين E2و CLF36 نشان داد كه بهترين كمپلكس با كمترين انرژي اتصال مربوط به پروتئينE2 با پپتيد Clf36-12Aبود. در واقع با بررسي بيوانفورماتيك پروتئين E2 و پپتيد CLF36-12A مشخص شد اين پپتيد بهترين عملكرد را در برابر ويروس مولد اسهال ويروسي گاوي دارد.

Bovine viral diarrhea is one of the most important diseases of cattle caused by a Pestivirus (BVDV) within the family Flaviviridae. This disease reduces the economy of infected herds by having a direct impact on reproductive performance, milk production and animal growth. E2 protein is the most important structural protein of the virus for induction of protective immunity. The aim of this study was to predict the E2 protein and Engineered Clf36 peptide and also investigate its antibacterial properties against bovine viral diarrhea virus through Molecular docking. For this purpose, BVD and engineered Clf36 protein sequences are downloaded from the NCBI site and the Swiss-model server was applied to predict the three-dimensional structure of Lysozyme protein for all investigated species except human and the structures were edited and evaluated using on-line software. The E2 protein were predicted, and ultimately, the interactions of this protein and Clf36 of were survived using Cluspro2.0 online software and the best binding was predicted. The results of interaction of E2 and CLF36 proteins showed that the best complex with the lowest binding energy was E2 protein with Clf36-12A peptide. In fact, bioinformatics studies of the E2 protein and CLF36-12A peptide have shown that it performs best against bovine viral diarrhea virus.