ﻣﻄﺎﻟﻌﻪي ﺗﺮاﻧﺴﮑﺮﯾﭙﺘﻮم داﻧﻪي ﺳﻮﯾﺎ و آﻧﺎﻟﯿﺰ ﺑﯿﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮑﯽ ژنﻫﺎي ﻣﻨﺘﺨﺐ

Study of soybean transcriptome and bioinformatics analysis of selected genes

بررسي تغييرات بيان ژنهاي فعّال در قسمتهاي مختلف دانه از اهداف مهم ، جهت انجام بسياري از تغييرات ژنتيكي درجهت بهبود كيفيّت، كميّت و عملكرد دانه سويا مي باشد. بدين منظور، در اين بررسي داده هاي ميكرواري گياه سويا از پايگاه GEO datasetsدريافت و با نرم افزار GEO2R آناليز شدند. ژنهاي با افزايش و كاهش بيان بالا انتخاب شدند. با استفاده از نرم افزار Target p نيز جايگاه فعّاليت پروتئينها مشخص شد. بررسيها نشان داد كه قسمتهاي مختلف دانه نقش مهمّي در تشكيل دانه دارند. نتايج به دست آمده بينشي از مكانيسم هاي مولكولي درگير در رشد بذر را ميدهد. ژنهاي با افزايش و كاهش بيان بالا پروتئينهاي مهمّي همچون پروتئين تنظيم كننده ي آدنيلات سيكلاز، پروتئين 1 در تعامل با NEP1، فاكتورهاي رونويسي WRKY 3، ايزوفرم X2فعّال كننده ي رونويسي متصّل به كالمودولين، پروتئين پيچيده منفذ هسته اي مشابه NUP155 و پروتئين يوبيكوئيتين E3 ليگاز DRIP2 را كد ميكنند. اين پروتئينها در قسمتهاي مختلف سلول (كلروپلاست، سيتوپلاسم و ...)فعّاليت ميكنند.

Examining the changes in the expression of active genes in different parts of the seed is one of the most important goals in order to perform many genetic modifications to improve the quality, quantity and yield of soybean seed and crop. For this purpose, microarray data of soybean plant were obtained from GEO datasets database and analyzed with GEO2R software. Genes with high and decreased expression were selected. Target p software was used to determine the location of protein activity. Studies have shown that different parts of the seed have an important role in seed formation.The results provide insights into the molecular mechanisms involved in seed growth. Highly expressed and down -regulated genes are encoded important proteins such as adenylate cyclase regulatory protein, NEP1-interacting protein 1 , WRKY 3 transcription factors , calmodulin-binding transcription activator X2 isoform, nuclear pore complex protein NUP155 -like and the E3 ubiquitin protein ligase DRIP2. These proteins work in different parts of the cell (chloroplast, cytoplasm, etc.).