بررسي سطوح عدم تعادل پيوستگي در ژنوم و تعيين اندازه مؤثر جمعيت گوسفندان بومي ايران

Investigating the levels of linkage disequilibrium in the genome and determining the population effective size of the Iranian native sheep

الگوي عدم تعادل پيوستگي (LD) در يك جمعيت، مي تواند توسط برخي از عوامل ژنتيكي، نظير انتخاب، جهش، مهاجرت، رانش ژنتيكي، ساختار جمعيت، تنگناهاي جمعيت و ميزان نوتركيبي، تحت تأثير قرار گيرد. اندازه مؤثر جمعيت (Ne)، يكي از مهم ترين فراسنجه ها، در ژنتيك جمعيت و زيست شناسي حفاظت محسوب مي شود. دستيابي به اندازه مؤثر كنوني جمعيت ها، به منظور مديريت جمعيت هاي كوچك در معرض خطر، از اهميت بسياري برخوردار است. روشLD، پركاربردترين روش برآورد اندازه مؤثر جمعيت بر اساس نشانگرهاي مولكولي بوده است و اغلب مطالعات انجام گرفته در دام هاي اهلي، بر اساس اين روش انجام شده اند. در اين پژوهش، جهت بررسي مقدار عدم تعادل پيوستگي (LD)، از آماره r2 استفاده شد. نتايج حاصل از اين آناليز نشان داد، كه با افزايش ميزان فاصله، مقدار LD در تمام نژاد هاي مورد مطالعه، كاهش يافت. بيشترين مقدار Ne، در 150 نسل پيش، مربوط به نژاد سياه كبود (891Ne=) بود، در حالي كه، كمترين آن، براي نژاد كرماني (326=150Ne) مشاهده گرديد. همچنين ميزان Ne در 13 نسل قبل در نژاد كرماني، از همه كمتر و در نژاد لري بختياري و سياه كبود از همه بيشتر بود (82-36=13Ne). به طور كلي، Ne در جمعيت گوسفندان بومي مورد مطالعه، پايين بود. Ne براي نژادهاي كرماني و كبوده شيراز حدود 40 است، كه به عنوان آستانه خطر انقراض در كوتاه مدت در نظر گرفته مي-شود. اين مطلب بدان معني است، كه اين نژادها بايد به عنوان يك كانديد براي اقدامات حفاظتي از نزديك كنترل شوند.

The linkage disequilibrium (LD) pattern in a population can be affected by some genetic factors such as selection, mutation, migration, genetic drift, population structure, population bottlenecks, and recombination rate. The effective size of the population (Ne) is considered one of the most important parameters in population genetics and conservation biology. Achieving the current effective size of populations is of great importance in order to manage small populations at risk. The LD method has been the most widely used method of estimating the effective size of the population based on molecular markers, and most of the studies conducted in domestic animals have been based on this method. In this research, the r2 statistic was used to investigate the linkage disequilibrium (LD). The results of this analysis showed that with the increase of the distance, the value of LD decreased in all the breeds studied. The highest amount of Ne, in 150 generations ago, was related to the SiahKabud breed (Ne=891), while the lowest value was observed for the Kermani breed (Ne150=326). Also, the amount of Ne in the 13 generations previous was the lowest in the Kermani breed and the highest in the Lori Bakhtiari and Siah Kabud breeds (Ne13 = 36-82). In general, Ne was low in the studied indigenous sheep population. Ne is about 40 for the Kermani and GrayShiraz, which is considered as a threshold of the danger of extinction in the short term. This means that these breeds should be monitored closely as candidates for conservation measures.