آناليز بيان افتراقي ژن هاي غده هاردرين مرغ در عفونت ويروسي بيماري نيوكاسل تحت استرس گرمايي با داده هاي RNA-Seq

مقدمه: در پشت هر چشم مرغ يك بافت لنفاوي منحصر به فرد به نام غده هاردرين وجود دارد كه تجزيه و تحليل توالي RNA RNA-seq)) براي آن جديد است. اين سلولها وابسته هم به تيموس و هم بورس فابرسيوس وابسته است. ويروس بيماري نيوكاسل، معيشت مرغداران روستايي كه زيرساخت ها و خدمات محدودي براي واكسيناسيون و جلوگيري از شيوع ويروس دارند را تهديد مي كند. پاسخ طيور به بيماري نيوكاسل تحت عوامل استرس زا مانند گرما كه معمولاً توسط جوجه ها تجربه مي شود، بررسي نشده است. هدف از اين مطالعه، آناليز بيان افتراقي ژن ها در غده هاردرين مرغ تحت عفونت با نيوكاسل در طيور لگهورن تحت استرس حرارتي بود. مواد و روش ها: در اين تحقيق به منظور آناليز بيان افتراقي ژن ها در غده هاردرين مرغ تحت تنش گرمايي 6 ساعت پس از بيماري نيوكاسل در طيور لگهورن، از داده هاي مربوط به يك مطالعه RNA-seq با شماره دسترسي GSE118010 از سايت NCBI استفاده گرديد. كيفيت و پيرايش خوانش ها، نقشه يابي خوانش ها روي ژنوم مرجع و خلاصه سازي خوانش هاي توالي خام روي اين داده ها صورت گرفته بود و به صورت ماتريس خوانش هاي نقشه يابي سطح ژن در سايت NCBI بارگذاري شده بودند. آناليز داده ها با يك برنامه تحت وب يكپارچه (iDEP) انجام شد. نتايج و بحث: اختلاف مشخصي بين دو گروه بدون چالش و چالش با ويروس نيوكاسل ديده شد كه در امتداد اولين مولفه اصلي 79 درصد واريانس را توضيح داد. با بسته نرم افزاري DEseq2 و در گروه ازمايشي بدون چالش نسبت به گروه ازمايشي چالش با ويروس نيوكاسل در شرايط تنش گرمايي 1260 ژن بيان بالا و 432 ژن با بيان پائين و با آستانه ميزان كشف اشتباه (FDR 0.01) و تغيير بيش از دو برابر (fold-change 2) شناسايي شدند. نتيجه گيري كلي: اين مطالعه بينش جديدي در مورد پاسخ رونويسي بافت غده هادرين مرغ در عفونت ويروسي بيماري نيوكاسل تحت استرس گرمايي با داده هاي RNA-Seq ارائه نموده است.