بهبود دقت شناسايي پروتئين هاي اساسي در شبكه هاي PPI

شناسايي پروتئين هاي اساسي در شبكه برهم كنش پروتئين-پروتئين نه تنها براي درك فرآيند حيات سلولي مهم است بلكه در تشخيص بيماريها و طراحي داروها بسيار سودمند است. به دليل گراني و زمان بالا در روش هاي آزمايشگاهي از روش هاي محاسباتي براي شناسايي پروتئين هاي اساسي بر اساس ساختار شبكه برهمكنش پروتئين- پروتئين استفاده مي-شود. روش هاي محاسباتي در شبكه برهمكنش پروتئين-پروتئين داراي دقت پاييني در كشف پروتئين هاي اساسي هستند و برخي از پروتئين هاي اساسي را به اشتباه تشخيص مي دهند. روش هاي محاسباتي كه از اندازه هاي مركزيت استفاده مي كنند داراي محدوديتهايي در مقادير مركزيت پايين و كارايي ضعيف در شبكه هاي PPI ناكامل هستند، اين شبكه ها تعداد زيادي برهمكنش مثبت كاذب دارند. ما اندازه مشابهت معنايي بين جفت پروتئين ها را براساس آنتولوژي ژني در شبكه هاي برهمكنش پروتئين-پروتئين ورودي محاسبه كرديم و در اندازه گيري اطمينان لبه هاي شبكه و به دست آوردن يك شبكه وزن دار استفاده كرديم، با گسترش سطح همسايگي هاي بيشتر بطور مستقيم و غيرمستقيم باعث بهبود دقت اندازه مركزيت محلي مي شويم و با تركيب بهترين نماينده اندازه مركزيت محلي و سراسري ساختاري با اندازه هاي ويژگي هاي زيستي پروتيئن هاي اساسي به وسيله روش رگرسيون لجستيك دقت شناسايي پروتئين هاي اساسي را افزايش داديم. روش پيشنهادي با روش هاي محاسباتي كارامد، در معيارهاي آماري مختلف، پياده سازي و مورد ارزيابي قرار گرفته است. نتايج نشان مي دهد كه روش پيشنهادي، دقت شناسايي پروتئين هاي اساسي را در مجموعه هاي داده اي YHQ، YMBD و YMIPS بهبود داده است. تركيب معيارهاي مركزيت محلي و سراسري شبكه برهمكنش پروتئين-پروتئين با ويژگيهاي زيستي پروتئين هاي اساسي، دقت بيشتري در شناسايي پروتئين اساسي را نتيجه مي دهد.