RNA-Seq ابزاري براي شناسايي ژن هاي مرتبط با مسير بيوسنتزي تيمول و كارواكرول در گونه هاي آويشن

آويشن (Thymus) با نام عمومي Thyme گياهي دولپه متعلق به خانواده نعناعيان (Lamiaceae)، حاوي تركيبات متعدد دارويي در اسانس مي باشد. خواص ارزشمند اسانس باعث شده آويشن از گياهان مهم در حوزه صنعت و داروسازي شناخته شود. مونوترپن ها از جمله تيمول وكارواكرول، اجزاي اصلي اسانس اين گياه را تشكيل مي دهند كه داراي خواص ضد باكتريايي، ضد قارچي، ضد تومور و التهاب، آنتي اكسيدان و نگهدارنده طبيعي غذا هستند. اين تركيبات از طريق دو مسير موالونات (MVA) در سيتوزول و شبكه آندوپلاسمي و مسير كلروپلاستي متيل اريتريول فسفات(MEP) در گياهان بيوسنتز مي شوند. تاكنون مطالعات متعددي در خصوص بررسي و تجزيه ي اسانس هاي گونه هاي آويشن در ايران و جهان صورت گرفته است، با اين حال اطلاعات ژنتيكي اندكي براي اين گياه به خصوص در زمينه ي بيوسنتز ترپنوئيدها در دسترس است. از اين رو در اين مطالعه، اطلاعات ترنسكريپتومي آويشن با استفاده از تكنيك Illiminia Hiseq 2000 جمع‌آوري و به كمك آناليزهاي بيوانفورماتيكي از طريق Blastx در برابر پايگاه پروتئيني Uniprot، كانتيگ‌هاي مربوط به ژن هاي بيوسنتز ترپن ها (مسير MEP) شناسايي شدند. بيش از 65 درصد كانتيگ ها حداقل با يك توالي در بانك اطلاعات همولوژي نشان دادند كه در اين ميان طول كامل برخي از ژن هاي مسير MEP، همچون ژن كليدي‌ DXR جداكننده‌ي مسير كلروپلاستي از مسير موالانات به دست آمد. اطلاعات ترنسكريپتومي بدست آمده در اين مطالعه براي گونه هاي جنس آويشن، منبع مهمي براي مهندسي ژنتيك، بررسي بيان ژن و تحقيقات ژنوميك عملكردي و مقايسه اي را فراهم مي آورد.