ارزيابي فواصل ژنتيكي باكتري‌هاي اسيد لاكتيك (LABs) موجود در شير مادر با استفاده از نشانگرهاي مولكولي مبتني بر PCR

Evaluation of genetic distances of lactic acid bacteria (LABs) in breast milk using PCR-based molecular markers.

شير مادر به واسطه دارا بودن طيف وسيعي از باكتري‌هاي پروبيوتيك‌، از ارزش زيستي بسيار بالائي براي كودك برخوردار است. با توجه به اهميت بالاي باكتري‌هاي اسيد لاكتيك (LABs) و خواص پروبيوتيكي آنها، مطالعه حاضر به منظور جداسازي، شناسايي و بررسي تنوع ژنتيكي اين گروه از باكتري‌ها در شير مادر با استفاده از نشانگر‌هاي مولكولي REP و BOX اجرا شد. نمونه‌هاي شير مادر از نواحي جغرافيايي مختلف استان لرستان جمع‌آوري و پس از كشت باكتري‌هاي موجود در نمونه‌هاي مورد مطالعه، از روش‌هاي مورفولوژيك، آزمون‌هاي گرم، كاتالاز و آنتي‌بيوگرام جهت تاييد اوليه استفاده شد. فواصل ژنتيكي بين 20 نمونه انتخاب شده با استفاده از نشانگرهاي REP-PCRو BOX-PCR برآورد شد. براساس نتايج اوليه، 3 ايزوله از گروه‌هاي هتروژن انتخاب و جهت تعيين نوع باكتري از تكثير ژن 16SrRNA و توالي‌يابي و همرديفي آن استفاده شد. نتايج نشان داد كه باكتري‌هاي مورد مطالعه كوكوباسيل شكل، گرم مثبت و كاتالاز منفي بودند. گروه‌بندي و رسم دندروگرام نشان داد كه باكتري‌هاي مورد مطالعه با حداقل 23 و حداكثر 86 درصد چندشكلي در 5 گروه مختلف قرار گرفته و گروه‌هاي تشكيل شده با فواصل جغرافيايي مطابقت نسبي داشتند. نتايج توالي‌يابي ژن 16SrRNA نيز بيانگر شناسايي 3 گونه باكتري لاكتوباسيلوس فرمنتوم، لاكتوباسيلوس كونكئي و لاكتوباسيلوس آپودمي در نمونه‌هاي شير مادر بود. با توجه به نتايج به دست آمده مي‌توان بيان كرد كه شير مادر حاوي طيف گسترده‌اي از باكتري‌هاي اسيد لاكتيك بوده و نشانگرهاي مولكولي مبتني بر DNA مي‌توانند ابزار موثري در گروه‌بندي و شناسايي آنها باشند.

Breast milk has a very high biological value for the child due to having a wide range of probiotic bacteria. Considering the high importance of lactic acid bacteria (LABs) and their probiotic properties, the present study was conducted to isolate and investigate the genetic diversity of this group of bacteria in breast milk using REP and BOX molecular markers. Breast milk samples were collected from different geographical areas of Lorestan province and after culturing the bacteria in the studied samples, morphological methods, gram tests, catalase and antibiogram were used for initial confirmation. Genetic distances between 20 selected samples were estimated using REP-PCR and BOX-PCR markers. Based on the initial results, 3 isolates were selected from heterogeneous groups and 16SrRNA gene amplification and sequencing and alignment were used to determine the type of bacteria. The results showed that the studied bacteria were coccobacilli, gram positive and catalase negative. The grouping and drawing of the dendrogram showed that the studied bacteria with a minimum of 23% and a maximum of 86% polymorphism were placed in 5 different groups and the groups formed were in relative agreement with the geographical distances. The results of 16SrRNA gene sequencing indicated the identification of 3 species of Lactobacillus fermentum, L. konkei and L. apodemy in breast milk samples. According to the obtained results, it can be stated that breast milk contains a wide range of lactic acid bacteria and DNA-based molecular markers can be an effective tool in their grouping and identification.