شناسايي ژن سيكلوتيد در گياه viola spathulata بومي ايران

سیكلوتیدها یك خانواده بزرگ از پروتئین های كوچك هستند كه دارای 30 اسید آمینه و یك موتیف ساختاری به نام Cyclic Cystine Knot (CCK) می باشند. وجود این موتیف سبب مقاومت و پایداری استثنایی سیكلوتیدها به حرارت، مواد شیمیایی و آنزیم ها شده است. سیكلوتیدها دسته ای بزرگ از پپتیدهای حلقوی ضد میكروبی هستند كه فعالیت های زیستی متنوعی دارند كه از آن جمله می توان به فعالیت ضد میكروبی، فعالیت ضد توموری، ضد ویروس نقص ایمنی اكتسابی، آنتاگونیسم نوروتنسین و... اشاره كرد. این دسته از پپتیدهای حلقوی برخلاف پپتیدهای حلقوی جداشده از میكروارگانیسم ها، كه به صورت غیر ریبوزومی سنتز می شوند، به صورت ریبوزومی سنتز شده و دارای ژن كد كننده هستند. در این پژوهش جهت شناسایی ژن كد كننده سیكلوتیدها در گیاه بنفشه بومی ایران ، 3 جفت پرایمر از مناطق حفاظت شده توالی كدكننده سیكلوتیدها، طراحی شد و با انجام "واكنش زنجیره ای پلیمراز" این ژنها مورد مطالعه قرار گرفتند. پس از بررسی اولیه محصولات واكنش زنجیره ای پلیمراز با ژل الكتروفورز، برای تایید نهایی، ژن ها توالی یابی شدند. با بررسی توالی ژن های بدست آمده و انجام همترازی این توالی ها با توالی های موجود در پایگاه داده GenBank مشخص شد كه یكی از ژنهای موجود در این گونه 92٪ مشابهت با سایر توالی های كد كننده سیكلوتیدها دارند.

Cyclotides are a family of circular peptides that have approximately 30 amino acid residues. Their N- and C- termini are connected via an amide bond, resulting in a circular backbone. Cyclotides are mini-proteins that are synthesized via the ribosomal pathway. They have a structural motif, called Cyclic Cystine Knot (CCK), which is responsible for their variety of biological activities such as antimicrobial, anti-tumor, anti-HIV activities. Because of their various bioactivities and unique stability, they are suitable candidate in drug design applications. In the present study, we determined the cyclotides content of the viola spathulata.The samples was collected from North Iran and total DNA was extracted by CTAB buffer. The forward and reverse primers to amplify the cyclotide genes were designed against the conserved region of cyclotide precursor transcripts. Results showed the presence of Vocb gene for the first time in this specie