طراحي مهاركننده‌هاي جديد پپتيدي با گروههاي عاملي بر پايه بنزن براي پروتئاز ويروس HTLV-1 با روشهاي محاسباتي

Design the new virus HTLV-1 protease peptide inhibitors based on Benzene functional group by computational methods

زمينه و هدف: ويروس htlv-1 جز خانواده رتروويروس‌ها مي‌باشد ، اين ويروس در انسان باعث ايجاد بيماري‌هايي نظير لوسمي T-Cell بزرگسالان (ATL )، HAM/TSP و ... مي‌گردد . يكي از پروتئين‌هاي مهم در اين ويروس پروتئاز است كه براي بلوغ ويروس نيز ضروري مي‌باشد .مهاركننده‌هايي كه تاكنون براي پروتئاز ساخته شده‌اند ،فعاليت مناسبي را از خود نشان نداده‌اند .در اين مطالعه سري جديدي از مهار كننده‌ها ايجاد و با استفاده از ابزارهاي محاسباتي نحوه اتصال آن‌ها به پروتئين پروتئاز سنجيده شد . مواد و روش‌ها: تركيبات بر اساس مشابهت با پپتيد اصلي و بر پايه پپتيدوممتيك ايجاد گرديدند .تركيبات بوسيله نرم‌افزار هايپركم بوجود آمدند و عمل بهينه سازي بر روي ليگاندهاي طراحي شده و ليگاندهاي همراه با پروتئين كه داراي ساختار كريستال بودند ،بعد از جدا كردن آن‌ها انجام گرديد. ADME و ويژگي‌ سميت تركيبات با استفاده از برنامه‌هاي تحت وب http://www.molinspiration.com و http://lazar-services.in-silico.ch تعيين و عمل داكينگ بر روي آن‌ها انجام گرديد. يافته‌ها: بررسي‌هاي ADME تركيبات طراحي شده نتايج مناسبي را ارائه دادند. بررسي‌ها حاكي از سميت نسبتا مناسبي براي ليگاندهاي طراحي شده بودند. نتيجه گيري: نتايج بدست آمده از داكينگ نيز نشانگر اختصاصي بودن ليگاندهاي طراحي شده در مهر پروتئاز بودند. در نهايت اين كه نتايج نشان دادند مهاركننده‌هاي طراحي شده مي‌توانند به عنوان تركيبات مشابه ،داروي موثري براي مهار اين پروتئين بوده ودر مقابله با اين ويروس بكار روند.

Background: Virus htlv-1 is in the retrovirus family; the virus causing human diseases such as adult T-Cell Leukemia (ATL), HAM / TSP and etc… One of the major proteins in the virus is protease that is essential for virus maturation. Inhibitors that ever made for the protease didn’t show any properly activity. We have created a new series of inhibitors and with using of computational tools to calculate the way of interactions to the protease protein. Materials and Methods: The compounds based on the similarity of the original peptide and based on peptidomemiticswere created. Compounds were created by software Hyperchem and optimization act on designed ligand and ligand with the protein crystal structure were performed after separating them. ADME and toxicity characteristics of the compounds were obtained by using Web applications in http://lazar-services.in-silico.ch and http://www.molinspiration.com and docking were performed on them. Results: The results of studies on ADME designed compounds already showed a good result. Toxicity studies also indicate relatively good results; also the docking results were showed good specificity. Conclusion: Our studies showed that designed inhibitors can be effective drug-like compounds to inhibiting the protein and therefore use to contrast with this virus.