مقايسه تشخيص سويه كلينيكي مايكوباكتريوم توبركلوزيس با روش Flash PCR و روش مرسوم كشت

Comparison of Detection of Clinical Isolates of Mycobacterium Tuberculosis by Flash PCR and Conventional Culture Method

زمينه و هدف: رنگ‌آميزي­هاي زيل نلسون، فلوئورسنت و نيز كشت، روش­هاي استاندارد تشخيص بيماري سل هستند. در اين تحقيق، كارائي روش Flash PCR با روش مرسوم كشت مقايسه شد. مواد و روش‌ها: تعداد 56 نمونه خلط از بيماران مشكوك به سل پس از ارزيابي با روش زيل نلسون و كشت در لوون اشتاين جانسن، به روش چلكس تحت استخراج DNA قرار گرفتند. جهت بررسي مولكولي از كيت مخصوص Flash PCR كه محتوي پروب‌ها و پرايمرها براي تكثير ژن IS6110 بود، استفاده شد. كنترل مثبت و كنترل منفي موجود در كيت به‌كار گرفته شد و دستگاه MTC410، جهت تكثير و دستگاه FD-12 جهت بررسي نتايج مورد استفاده قرار گرفتند. علاوه بر اين، نمونه‌ها با كمك ژل آگارز نيز الكتروفورز شدند. يافته‌ها: از 56 نمونه خلط بيماران مشكوك به سل، تعداد 20 نمونه در ارزيابي ميكروسكوپي و كشت، مثبت و 36 نمونه منفي بودند. هم‌چنين، بررسي مولكولي با استفاده از روش FLASH-PCR مشخص كرد كه تمامي 20 نمونه مثبت، در اين روش مولكولي نيز مثبت شدند. به‌علاوه، 3 نمونه خلط كه با روش كشت و رنگ آميزي منفي شده بودند در روش FLASH-PCR مثبت شدند. يكي از 3 بيمار مورد بحث با نظر پزشك تحت درمان حمله‌اي براي درمان سل با دريافت آنتي بيوتيك­هاي ايزونيازيد، پيرازيناميد و اتامبوتول قرار گرفت. تمامي نتايج با كمك الكتروفورز معمول نيز تاييد گرديدند. نتيجه‌گيري: مواردي كه احتمالا به دليل تعداد باكتري اندك در نمونه يا نقص در نمونه‌برداري، منفي مي‌شوند، با روش FLASH-PCR امكان مثبت شدن آن‌ها وجود دارد. بنابراين، با توجه به هزينه اندك، براي استفاده روتين پيشنهاد مي‌شود.

Background and Aim: Ziehl Nelson staining, fluorescent and also culture are the standard methods for the diagnosis of tuberculosis. In this study, the performance of conventional cultivation methods was compared with Flash PCR. Materials and Methods: A total of 56 sputum samples from patients with suspected tuberculosis in Tuberculosis Center of Arak city were collected and Ziehl–Neelsen and culture in Löwenstein–Jensen medium were accomplished. Moreover, DNA from all of the 56 sputum samples was extracted by Chelex100 method. Molecular evaluation was accomplished by Flash PCR kit containing probes and primers for gene amplification IS6110. Positive and negative controls together with samples were used in a MTC410 apparatus for amplification. FD-12 apparatus was used to evaluate the results. In addition, electrophoresis on agarose was used for confirmation of the results. Findings: From 56 sputum samples of suspected TB patients, 20 samples were positive and 36 samples were negative on microscopic evaluation and culture methods. FLASH-PCR molecular analysis showed that all of 20 positive samples were positive in molecular methods, too. On the other hand, three of sputum samples that were negative by culture and staining were positive in FLASH-PCR method. One of these 3 patients, received Isoniazid, pyrazinamide and ethambutol antibiotic by responsible medicine. All results were confirmed using conventional electrophoresis. Conclusion: In some negative samples, possibly because of the small number of bacteria in sample or a defect in the sampling, the Flash PCR may due good advantages. Therefore, due to the low cost, this method is recommended for routine use.