اثرات QTL هايي با سطوح مختلف غالبيت بر الگوهاي عدم تعادل پيوستگي حاصل از جهش

Effective of QTLs with different dominance levels on pattern of linkage disequilibrium created by mutant

در اين تحقيق جمعيتي از 160 فرد نر و 320 ماده با ژنومي متشكل از 4 كروموزوم شبيه سازي شد. كروموزوم اول داراي 100 جايگاه 2 آللي پيوسته و كروموزوم هاي ديگر هر يك داراي 50 جايگاه 2 آللي بودند. سپس يك جهش تاثيرگذار در جايگاه 50 كروموزوم 1 با اثر ژنوتيپي معادل نصف انحراف معيار افزايشي صفت مورد نظر قرار داده شد. ساير جايگاه هاي اين كروموزوم به عنوان نشانگرهاي اسنيپ قابل رديابي در نظر گرفته شد. با فرض آميزش تصادفي والدين،2 فرزند به ازاي هر والد ماده و انتخاب 50% از فرزندان نر به عنوان والدين نر نسل بعد براساس ارزش هاي اصلاحي بدون انتخاب در مسير ماده ها، 50 نسل مجزا شبيه سازي گردبد. در انتهاي هر نسل، عدم تعادل پيوستگي و فراواني آللي براي جايگاه هاي كروموزوم 1 براي سطوح مختلف غالبيت به دست آمد. نتايج نشان داد كه سطوح مختلف غالبيت مورد نظر اين پژوهش، تاثيري در ايجاد الگوهاي عدم تعادل پيوستگي و شناسايي سوييپ نداشتند اما مي توانند در تداوم سوييپ نقش داشته باشند.

In this study a population of 160 males and 320 females with genome consists of 4 chromosomes were simulated. The first chromosome have 100 biallelic loci and the other chromosomes each one have 50 biallelic loci. Then a causative mutation (QTL) on chromosome 1 and 50th loci with genotypic effect equal to the half of the supposed standard deviation of breeding values were simulated for a randomly selected individual (Mutant). Remainder loci of chromosome 1 were considered as traceable SNP markers neglecting other chromosomes. Assuming random mating of selected parents، 2 offspring per dam were simulated. 50 discrete generations by selecting 50% of the male progenies based on breeding values and all female progenies as parents of the next generation. Linkage disequilibrium and allelic frequency of progenies were calculated for markers of first chromosome for different levels of dominance during all generations. The results showed that the levels of dominance cannot change linkage disequilibrium pattern and no efficiently on identify sweeps. But they can play a role in continuity of Sweeps.