استفاده از يك سيستم VNTR بومي شده متكي بر دو لوكوس در دسته بندي ژنتيكي جدايه‌هاي صحرايي بورخولدريا مالئي در ايران

A customized dual-locus VNTR combination for genotyping Burkholderia mallei field isolates in Iran

بورخولدريا مالئي باكتري مسبب مشمشه با ميزبان‌هاي عمدتا تك سمي خود سازگاي يافته است و قادر به ادامه حيات طولاني در خارج از بدن ميزبان نيست. ايران بصورت سالانه اپيدمي‌هاي اين بيماري را تجربه مي‌نمايد. در سال‌هاي اخير ژنوتايپينگ مبتني بر لوكوس‌هاي چندگانه متشكل از واحدهاي تكرار‌شونده پشت سرهم به عنوان روش انتخابي براي مشمشه پذيرفته شده است. با هدف ارزيابي مقايسه‌اي قدرت تفريق دو لوكوس VNTR به نام‌هاي VNTR1217 و VNTR13 تكنيك VNTR-PCR بر روي 5 سويه بورخولديا مالئي ايران اجرا گرديد. توالي نوكلئوتيدهاي محصولات PCR به منظور اطمينان از درستي اندازه و همچنين ساختار ژنتيكي تعيين گرديد. ضمنا تعداد 29 سويه بورخولدريا مالئي نيزدر تحقيق وارد شدند. نتايج نشان دادند همه سويه‌ها در ژنوم خود لوكوس VNTR13 را كه در تحقيق حاضر معرفي گرديد حمل مي نمايند در حاليكه وجود لوكوس VNTR1217 در ژنوم 4 سويه احراز نگرديد. انديكس Nei' di درمورد لوكوس VNTR13 بالاتر از VNTR1217 (0.8 در مقايسه با 0.74) تعيين گرديد. تعداد آلل‌هاي شناخته شده توسط لوكوس‌هاي VNTR13 و VNTR1217 در ميان سويه‌هاي ايران بترتيب 2 و 3 مورد بود. بر اساس اين يافته ها اگر بنا بر انتخاب مجموعه اي از لوكوس هاي VNTR مناسب براي معرفي يك سيستم جهاني MLVA در مورد بورخولدريا مالئي وجود داشته باشد لازم است همه لوكوس‌هاي فعلي بر روي كلكسيوني از سويه‌هاي بورخولدريا مالئي از تمام جهان مورد آزمايش قرار گيرد. انجام چنين تحقيق گسترده‌اي تنها در صورت همكاري ميان آزمايشگاه‌هاي مرجع مورد تاييد OIE امكان پذير خواهد بود.

Burkholderia mallei, the causative agent of Glanders, is a host-adapted bacterium that does not survive outside of its mostly soliped hosts. Iran is among those countries that experience annual outbreaks of the disease. Recently, multiple locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA) has achieved broad acceptance as the method of choice in genotyping of B. mallei. In order to comparative assessment of diversity indices provided by two tandem repeat loci namely VNTR1217 and VNTR13, five Iranian B. mallei strains were examined by VNTR-PCR. The amplification products were sequenced to guaranty accuracy of sizing and nucleotide structure of unit repeats. A further 29 B. mallei strains were also included in the study. As observed, all the 34 B. mallei strains carried the VNTR13 locus that was characterized by this study while VNTR1217 was missing in the genome of 4 studied strains. A higher Nei's diversity index (Nei' di=0.80) was presented by VNTR13 compared to that of VNTR1217 (Nei's di= 0.74) when MLVA applied on the whole panel of 34 strains. Among the Iranian strains, VNTR13 detected 3 alleles while VNTR1217 found two alleles. Findings of this study back the assumption that if a standard panel of VNTR loci are to be selected for a universal MLVA typing system suitable for B. mallei, all the reported loci from across the world are then expected to assess against a global collection of B. mallei strains. Such extensive investigation is possible only if an international collaboration between OIE-approved Glanders reference laboratories is set.