جداسازي، شناسايي مولكولي و آناليز فيلوژنتيكي اكتينوميست‌هاي مولد مواد ضدميكروبي عليه پاتوژن‌هاي بيماري‌زا از خاك‌هاي زراعي شور شهر قم

Isolation, Molecular Identification, and Phylogenetic Analysis of Antimicrobial Agents Producing Actinomycetes in Farming Saline Soils of Qom City, (Iran)

زمينه و هدف: اكتينوميست‌ها، باكتري‌هاي گرم مثبت و رشته‌اي هستند كه بخش اعظم ميكروارگانيسم‌هاي خاك را دربرمي‌گيرند. براساس مطالعات انجام‌‌شده، سه‌چهارم از كل آنتي‌بيوتيك‌هاي شناخته‌شده را اكتينوميست‌ها توليد مي‌كنند. مطالعه حاضر با هدف بررسي اكتينوميست‌هاي مناطق مختلف استان قم از جهت خواص آنتي‌باكتريايي صورت گرفت. روش بررسي: در اين مطالعه بنيادي، ابتدا اكتينوميست‌ها از خاك‌هاي زراعي شور استان قم جداسازي شدند، سپس غربالگري اوليه به‌ روش كشت و غربالگري ثانويه با روش انتشار در آگار در برابر باكتري‌هاي بيماري‌زا انجام گرفت. جهت شناسايي مولكولي، DNA ژنوميك تمام جدايه‌ها استخراج شد، سپس ژن SrRNA16 آن‌ها با تكنيك PCR، تكثير و نمونه‌هاي مثبت سكانس شدند و نتايج حاصله، از نظر فيلوژنتيك بررسي گرديد. يافته‌ها: در اين مطالعه از 100 نمونه خاك جمع‌آوري‌شده، 23 ايزوله اكتينوميست جدا شد. همچنين علاوه بر تست‌هاي ميكروب‌‌شناسي، 10 نمونه با استفاده از روش PCR براساس ژن SrRNA16 توالي‌يابي شدند كه ايزوله‌ها با ميزان 100 و 99% به جنس استرپتوميست و اكتينوميست مشابهت داشتند. نيتجه‌گيري: نتايج اين مطالعه نشان داد ايزوله‌هاي جديدي در نمونه خاك استان قم وجود دارد كه توانايي توليد مواد آنتي‌باكتريايي جديد را دارند و مي‌توان از آن‌ها در حوزه صنعت استفاده كرد.

Background and Objectives: Actinomycetes are Gram-positive and filamentous bacteria that are the major microorganism in soil. According to studies, three quarters of all known antibiotics are produced by actinomycetes. The present study aimed to investigate actinomycetes in farming saline soils of different regions of Qom province in terms of antibacterial property. Methods: In this experimental study, first, Actinomycetes were collected and isolated from farming saline soils of Qom province, then, primary screening was carried out using culture and secondary screening by agar diffusion method against pathogenic bacteria. For molecular identification, genomic DNA of all isolates was extracted, then their 16SrRNA gene was sequenced by PCR technique, replicated, and positive samples, were sequences and the obtained results were analyzed phylogenetically. Results: In this study, out of 100 collected soil samples, 23 isolates of Actinomycetes were isolated. Also, in addition to microbiological tests, 10 samples were sequenced using the PCR method based on the 16 SrRNA, and the isolates were 100% and 99% similar to Streptomyces and Actinomycetes. Conclusion: The results of this study revealed that new isolates exist in the soil sample of Qom province, which are able to produce new antibacterial agents and could be used in the field of industry.