طراحي و به‌كارگيري روش LAMP در جهت تشخيص مولكولي استرپتوكوك پيوژنز

استرپتوكوكوس پيوژنز كلونيزه‌كننده پوست و گلو در بسياري از انسان‌ها است. اين باكتري علاوه بر عفونت‌هاي چركي حاد، مسئول عوارض و بيماري‌هاي خودايمن بعد از عفونت شامل آرتريت واكنشي، گلومرولونفريت و تب روماتيسمي مي‌باشد. روش استاندارد طلايي براي شناسايي استرپتوكوكوس پيوژنز، كشت است. اما به‌دليل زمان‌بر بودن روش مذكور و اهميت تشخيص سريع آن، استفاده از روش‌هاي مولكولي مفيد است. تكنيك LAMP روش نسبتاً جديدي است كه حساسيت و اختصاصيت بالايي در تشخيص عفونت‌هاي باكتريايي دارد. هدف از اين مطالعه، استفاده از تكنيك LAMP براساس ژن ستوكروم اكسيداز (oxaA) براي شناسايي استرپتوكوكوس پيوژنز است. مواد و روش‌ها: روش LAMP با 6 پرايمر براي توالي خاص oxaA در استرپتوكوكوس پيوژنز طراحي شد. غلظت‌هاي مختلفي از سولفات منيزيم، دزوكسي نوكلئوتيد تري‌فسفات و پرايمرها براي بهينه‌سازي روش استفاده گرديد. نتايج: واكنش LAMP با غلظت‌هاي 10 uM از هر كدام از پرايمرهاي LB، LF،F3 و B3، 40 uM از هر كدام از پرايمرهاي FIP و BIP، 0.4mM dNTPs و 8mM MgSo4 طي 1 ساعت و در دماي 63 درجه سانتيگراد راه‌اندازي گرديد. نتيجه‌گيري: روش LAMP در مقايسه با PCR روش سريعي براي شناسايي استرپتوكوكوس پيوژنز مي‌باشد.

Streptococcus pyogenes is the leading cause of suppurative infections and the non suppurative sequela as acute rheumatic fever, acute glomerulonephritis, and reactive arthritis. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay is a rapid and sensitive method to detect bacterial infections. Therefore, we developed a LAMP assay for rapid detetion of S.pyogenes infections based on cytochrome oxidase gene(oxaA). Methods: The LAMP assay was established using six primers targeting cytochrome oxidase gene in S.pyogenes. The performance of assay was evaluated with different concentration of MgSo4, dNTPs and primers. Results: LAMP assay was developed with concentrations of 10 uM from F3, B3, LB ad LF primers, 40 uM of each FIP and BIP primer, 0.4mM of dNTPs and 8mM of MgSo4 at 63°C for 1h. Conclusion: The LAMP assay to detect S.pyogenes is rapid method in comparison to PCR