شناسايي مولكولي و ارزيابي ژنتيكي ماهي شير Scomberomorus commerson بر اساس D-Loop ژنوم ميتوكندريايي در خليج‌فارس، درياي عمان و درياي عرب با استفاده از تكنيك High Resolution Melting Real Time PCR

Molecular identification and Genetic assessment of Scomberomorus commerson by mitochondrial DNA D-Loop region in the Persian Gulf, Oman Sea and Arabian Sea using HRM- Real Time PCR

ماهي شير(Scomberomorus commerson) از خانواده تون ماهيان (Scomberidae) بوده و ازنظر اقتصادي و اكولوژيكي داراي اهميت زيادي مي‌باشد. در اين بررسي شناسايي مولكولي و تمايز ژنتيكي اين ماهي بر اساس منطقه D-loop ژنوم ميتوكندريايي با استفاده از تكنيك HRM-Real Time PCR صورت پذيرفته است. براي اين كار، باله پشتي 100 نمونه ماهي شيراز 4 منطقه بوشهر، دوحه، جاسك و كراچي تهيه و پس از استخراج ژنوم آن‌ها با انجام واكنش HRM-Real Time PCR با استفاده از رنگ SYTO 9، گروه‌بندي صورت پذيرفت. سرگروه‌ها براي آب‌هاي بوشهر در 8 گروه، دوحه 6 گروه، جاسك 9 گروه و كراچي 6 گروه دسته‌بندي شدند و درنهايت پس از بررسي نمونه‌ها، در واكنش نهايي HRM-Real Time PCR، 20 گروه حاصل شد. نمونه‌هاي منتخب با انجام مجدد واكنش زنجيره‌اي پليمر از براي تعيين توالي ارسال شدند. نتايج به‌دست‌آمده از تعيين توالي با توالي‌هاي موجود در بانك ژني NCBI مقايسه شده و جنس و گونه ماهي شير S. commerson شناسايي شد. سپس با رسم درخت فيلوژني توسط توالي‌هاي به‌دست‌آمده و مشاهده تمايز ژنتيكي، مشخص شد كه اين تكنيك مي‌تواند به‌عنوان يك تكنيك مؤثر در تفكيك و گروه‌بندي نمونه‌ها براي بررسي‌هاي جمعيتي و سرعت بخشيدن به روند تحقيق مورداستفاده قرار گيرد.

King fish (Scomberomorus commerson) belonging to the family scombridae considered ecologically and economically important fish species. This research was carried out to identify molecular identification and genetic assessment using mtDNA D-Loop via HRM-Real Time PCR. A total of 100 Dorsal fin clip samples of Scomberomorus commerson were sampled from four locations along Persian Gulf (Bushehr & Doha), Oman Sea (Jask) and Arabian Sea (Karachi) and after isolating genomic DNA, HRM-Real Time PCR was conducted with the use of SYTO 9 saturating dye to classify samples. Representative of groups to the waters of Bushehr, Doha, Jask and Karachi were 8, 6, 9 and 6, respectively. Ultimately, 20 groups were identified by using High Resolution Melting Analysis. Representatives of groups were sequenced after conducting anew PCR. The results of sequencing were inferred by performing blast on NCBI and Scomberomorus commerson were identified. Thereafter, distinctions were observed constructing phylogenetic tree via ensued sequences. Likewise, considerations demonstrated that High Resolution melting-Real Time PCR not just could be an effectual technique to accelerate enquiry procedure but, isolate and classify manifold samples for populations enquiry.