معرفي و ارزيابي پانل بيست و پنج گانه SNP هاي اتوزمال آگاهي بخش جهت تعيين هويت ژنتيكي انسان

Introduction and Assessment of 25 Informative Autosomal SNPs for Human Genetically Identification

زمينه و هدف: استفاده از پلي مورفيسم هاي تك نوكلئوتيدي (SNPs) در تشخيص هويت ژنتيكي كاربرد هاي گسترده اي را نشان داده است. در جمعيت ايراني جهت ارزيابي فركانس آللي و نيز تعيين تنوع ژنتيكي SNP ها بر مبناي پايگاه SNIPforID مطالعات محدودي گزارش شده است. مطالعه حاضر با هدف بررسي تنوعات ژنتيكي، تعيين فراواني آللي و ارزيابي هتروزيگوسيتي، به طور همزمان در 25 جايگاه SNP اتوزومال آگهي بخش در استان گيلان با تكنيك SNapShot اجرا شد. روش‌ها: در مطالعه توصيفي- مقطعي حاضر، نتايج ارزيابي هاي بيوانفورماتيكي نشان داد حداقل 25 جايگاه SNP اتوزمال قدرت تمايز بين قوميت هاي ايراني را داشتند. استخراج DNA از نمونه خون 53 نفر از افراد با قوميت گيلك با روش( RGDE (Rapid Genomic DNA Extraction انجام شد. تعيين ژنوتيپ SNP هاي منتخب با استفاده از روش SNapShot به وسيله دستگاه ژنتيك آنالايزر3130 XL شركت ABI اجرا شد. آناليز هاي آماري با استفاده از نرم افزار هاي Arlequine 3.5 ، GenALEX 6.5و GeneMapper 5.0 محاسبه شد. يافته‌ها: ميانگين هتروزيگوسيتي مشاهده شده برابر با 428/0 بود. كمترين ميزان هتروزيگوسيتي محاسبه شده مربوط به rs938283 به ميزان 190/0 به دست آمد. كمترين ميزان فركانس اللي براي rs938283 برابر با 105/0 محاسبه شد. مجموع فركانس آللي SNP هاي مورد مطالعه از تعادل هاردي-واينبرگ به استثناء rs1382387 انحراف نشان دادند. ارزيابي پارامتر شاخص تثبيت (FST) نشان داد بين قوميت گيلك و سه قوميت كرد، فارس و لر تفاوت ژنتيكي قابل توجهي ديده نشد. نتيجه‌گيري: ارزيابي همزمان 25 جايگاه اتوزمال SNP توانايي ايجاد تمايز بين قوميت هاي درون جمعيتي را دارد. نتايج نشان داد قوميت گيلك از نظر ژنتيكي با قوميت هاي لر، فارس و كرد مشابه مي باشد. روش SNapShot از حساسيت و اختصاصيت مناسبي جهت ژنوتايپينگ SNP هابه طور همزمان برخودار بود.

Background and Aim: Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are being increasingly used by forensic laboratories. In the Iranian population, few studies have been reported that aim to investigate allelic frequencies and determine genetic variation of SNPs based on SNPforID database. The goal of the current study was to evaluate the population genetic diversity by genotyping of 25 informative autosomal single nucleotide polymorphisms residing in Gilan province in Northern Iran, using the SNaPshot assay. Methods: In this cross-sectional study, the results of the bioinformatics analysis indicated that at least 25 autosomal loci SNP could help discriminate between Iranian ethnic groups. A total of 53 unrelated individuals from the Gilakis ethnicity group provided blood samples for extraction of genomic DNA by the RGDE method. The SNapShot method was used to genotyping 25 selected SNPs on the 3110xl ABI Genetic Analyzer. Statistical analysis was conducted using the Arlequin 3.5, GeneAlex 6.5 and GeneMapper 5.0 software. Results: The mean heterozygosity was 0.428. The minimum heterozygosity observed was 0.190 that related to rs938283. Minor allele frequency (MAF) for rs938283 was 0.105. There was significant deviation in allelic frequencies from Hardy-Weinberg equilibrium for all the studied SNPs except rs1382387. The calculated FST values presented among Gilak and three Iranian ethnic groups including Kurd, Persian ad Lors were not significantly genetic different. Conclusion: Evaluation of the 25 autosomal SNP simultaneously enabled discrimination among ethnic groups within the population. The results presented Gilakis ethnicity genetically when compared to the other ethnicity, Lor, Persian and Kurdish, are similar. The SnapShot method has appropriate sensitivity and specificity to simultaneously genotype SNPs.