شناسايي مناطق ژنومي مرتبط با صفات توليدمثلي در گوسفند بلوچي با استفاده از نشانگرهاي با تراكم بالا

Detection of genomic regions affecting reproductive traits in Baluchi sheep using high density markers

در اين تحقيق، يك پويش ژنومي براي شناسايي جايگاههاي مؤثر بر صفات توليدمثلي در گوسفند بلوچي انجام شد. به اين منظور، نمونه برداري خون از 96 رأس ميش همراه با داده هاي فنوتيپي مربوط به صفات توليدمثلي شامل مجموع وزن همزادان متولد شده، ميانگين وزن همزادان در تولد، مجموع وزن همزادان شيرگيري شده، ميانگين وزن همزادان شيرگيري شده و تعداد بره هاي زنده در شش ماهگي در چهار نوبت زايش بدست آورده شد. پس از استخراج DNA، نمونه ها با استفاده از تراشه هايSNP گوسفندي (50K) تعيين ژنوتيپ شدند. تجزيه مطالعه ارتباط ژنومي با استفاده از نرم­افزار PLINK در مدلهاي رگرسيون خطي و لجستيك شامل اثرات SNPها و عوامل ثابت جنس و نوبت زايش انجام شد. در مجموع، هشت نشانگر معني دار در سطح كروموزومي روي كروموزومهاي 1، 4، 10، 15 و 17 مرتبط با صفات توليدمثلي مورد مطالعه شناسايي شد (0/05>P). بررسي ژنها و QTLها در اين مناطق نيز نشاندهنده وجود ژنها و QTL هاي مؤثر بر صفات رشد و توليدمثلي بود. از نتايج اين تحقيق ميتوان براي كشف واريانتهاي مسبب صفات توليدمثلي در برنامه هاي اصلاح نژادي گوسفند استفاده نمود.

Genetic improvement in reproductive and growth traits is major goal in sheep breeding. In this study, we performed a genome wide association study for detection of quantitative trait loci affecting reproductive traits in Baluchi sheep. For this purpose, blood samples were collected from a total of 96 ewes and data on their reproductive traits including total litter weight at birth (TLWB), litter mean weight per lamb born (LMWLB), total litter weight at weaning (TLWW), litter mean weight of lambs at weaned (LMWLW) and number of lambs alive at six months (NLA6m) in four parity. After DNA extraction, samples were genotyped using the Illumina Ovine SNP 50K BeadChip assay. Using PLINK software, a GWA study was performed in linear (GLM) and logistic regression analyses with a model included SNPs effect and sex and number of parities as fixed effects. A total of eight SNPs were found on chromosomes 1, 4, 10, 15 and 17 at the 5% chromosome-wise significance level (P<0.05) for studied reproductive traits. Also, study of genes and QTLs in these regions showed genes and QTLs affecting growth and reproductive traits. The results of this study could be used for discovery of causative variants for reproductive traits in sheep breeding programs.