تعيين ميزان صحت تشخيص استرپتوكوك پنومونيه در آزمايشگاه‌هاي تشخيص طبي با روش‌هاي فنوتايپي و مولكولي

Accuracy of detection of Streptococcus pneumoniae in clinical laboratories by using phenotypic and molecular methods

سابقه و هدف: استرپتوكوكوس پنومونيه يكي از مهم‌ترين پاتوژن‌هاي باكتريائي و عضوي از استرپتوكوك‌هاي ويريدانس بشمار مي‌رود. تشخيص صحيح و تمايز اين باكتري از ساير باكتري‌هاي مشابه، اهميت بسياري در اپيدميولوژي باليني و روند مقاومت‌هاي آنتي‌بيوتيكي پنوموكوك دارد. در اين مطالعه ميزان صحت تشخيص استرپتوكوك پنومونيه در آزمايشگاه‌هاي تشخيص طبي با روش‌هاي فنوتايپي و ژنوتايپي مورد بررسي قرار گرفت. مواد و روش‌ها: ايزوله هاي باليني كه توسط آزمايشگاه‌هاي تشخيص طبي به‌ عنوان پنوموكوك شناسايي شده بودند، دريافت و به آزمايشگاه منتقل شد. پس از خالص‌سازي كلني‌ها، تعيين هويت بيوشيميايي با استفاده از آزمون‌هاي حساسيت به اپتوچين و حلاليت در صفرا انجام گرديد. DNA ايزوله‌ها با استفاده از كيت استخراج شده و تعيين هويت مولكولي از طريق آزمون PCR براي تشخيص ژن lytA انجام شد. يافته‌ها: پس از تعيين هويت مجدد، در نهايت 50 ايزوله به‌عنوان پنوموكوك واقعي شناسايي شده و 60 ايزوله ديگر شامل 3 كوكوباسيل گرم منفي، 7 استرپتوكوك غيرآلفاهموليتيك و 50 استرپتوكوك ويريدانس بودند. بيش‌ترين ميزان اشتباه در تشخيص پنوموكوك، مربوط به عفونت‌هاي تنفسي و چشمي بود. تمام 50 ايزوله كه به‌عنوان پنوموكوك شناسايي شده بودند، از نظر ژن lytA مثبت بوده و ايزوله‌هاي مقاوم به اپتوچين از نظر ژن lytA منفي بودند. نتيجه‌گيري: در اين مطالعه، ميزان خطا در تشخيص پنوموكوك 55 درصد تعيين شد. به‌نظر مي‌رسد استفاده از ديسك‌هاي اپتوچين به تنهائي و عدم انجام آزمايشات تكميلي و فقدان كنترل كيفي مناسب، علل اصلي عدم تشخيص درست پنوموكوك در ايران است. تشخيص غلط باعث اطلاعات اپيدميولوژيك نادرست، درمان‌هاي غيرضروري و افزايش مقاومت آنتي‌بيوتيكي در باكتري مي‌شود. رعايت مسائل فوق‌الذكر و حضور يك متخصص ميكروب‌شناسي در آزمايشگاه بيمارستان مي‌تواند بسيار موثر باشد.

Introduction: Streptococcus pneumoniae, is one of the most important bacterial pathogens and a member of viridians streptococci group. Accurate identification and differentiation of this form of bacteria from other relative streptococci, is the base of epidemiological study of this type of organism. The aim of this study was to evaluate the accuracy of detection of Streptococcus pneumoniae in clinical laboratories in Materials and Methods: A total number of 110 isolates, identified as pneumococci by some clinical laboratories in Tehran, were collected between March 2010 to May 2012.After isolating the colonies, biochemical identification tests by optochin susceptibility (Mast) and bile solubility (direct method) methods were performed. After DNA extraction, PCR was performed to define lytA gene as a molecular identification for Streptococcus pneumonia. Results: After re-identifying the isolates, fifty of them were determined as true pneumococci, and other remaining sixty isolates were identified as: three gram negative coccobacilli, seven non alpha hemolytic streptococci, and fifty Viridans streptococci. Most of misidentifications were related to respiratory and eye infecting streptococci. Unlike non pneumococcal isolates, all 50 pneumococcal isolates were positive for lytA gene. Conclusion: There was 55% error in detection of pneumococci in this study. The use of optochin susceptibility test as the sole detection tool and also lack of supplemental tests and proper quality controlling, are the main causes of failure in diagnosing pneumococci in Iran. Misidentifications may result in incorrect epidemiological data gathering, unnecessary treatment, and false increased antibiotic resistance reports for this organism. Regarding the high incidence of inaccuracies in defining this specific type of microorganism, we suggest the presence of a clinical microbiologist in the hospital laboratories to perform the right diagnostic tests and quality controlling would be essential.