عنوان مقاله :
بررسي امكان كلونينگ قطعه آنت يژنيك پي شگويي شده توسط نرم افزارهاي بيوانفورماتيكي آنزيم هيالورونيداز استرپتوكوكوس پايوژن
عنوان به زبان ديگر :
Investigating the possibility of recombination the predicted antigenic fragment of Streptococcus Pyogen hyaluronidase by bioinformatics softwares
پديد آورندگان :
صدوق عباسيان، شبنم دانشگاه علوم پزشكي اراك - -1 مركز تحقيقات پزشكي و مولكولي، اراك , صوفيان، صفيه دانشگاه پيام نور - گروه زيست شناسي - واحد اراك، اراك , ژاپوني نژاد، علي رضا دانشگاه علوم پزشكي اراك - -۱ مركز تحقيقات پزشكي و مولكولي، اراك , ابطحي، حميد دانشگاه علوم پزشكي اراك - -۱ مركز تحقيقات پزشكي و مولكولي، اراك
كليدواژه :
آنزيم هيالورونيداز , نواحي آنتي ژنيك , كلونينگ
چكيده فارسي :
سابقه و هدف: از مشكلات جدي در توليد آنزيم هيالورونيداز استرپتوكوكوس پايوژنز به صورت نوتركيب، وزن مولكولي بالاي اين پروتئين مي‌باشد. هدف از انجام اين مطالعه استفاده از نرم‌افزارهاي بيوانفورماتيكي جهت پيش‌بيني نواحي با بيش‌ترين خاصيت آنتي‌ژنيك در پروتئين هيالورونيداز، پيش‌گويي ساختار قطعه مورد نظر و ارزيابي كلونينگ آن در وكتور pTZ57R/T مي‌باشد.
مواد و روش‌ها: ابتدا جهت به‌دست آوردن توالي مورد توافق در تمامي توالي‌هاي آمينو اسيدي آنزيم هيالورونيداز، هم‌ترازي چند‌گانه با استفاده از نرم‌افزار MegAlign و روش Clustal W صورت پذيرفت. آناليز BlASP صورت پذيرفت. نواحي آنتي‌ژنيك با استفاده از نرم‌افزارهاي آنلاين ABCpred، BcePred و Emboss تعيين گرديد. ساختمان سه بعدي نواحي آنتي‌ژنيك تعيين شده، با استفاده از نرم‌افزار TASERI پيش‌گويي شد و با استفاده از نرم‌افزار Swiss-PDB Viewer بررسي گرديد. در نهايت قطعه پيش‌بيني شده در وكتور pTZ57R/T وارد گرديد.
يافته‌ها: توالي مورد توافق به‌دست آمده داراي 868 آمينو اسيد بود كه توالي امينو اسيدي 279 تا 773 به عنوان منطقه با آنتي‌ژنيك بالا به منظور كوتاه كردن توالي با استفاده از نرم‌افزارهاي آنلاين انتخاب شد. در نهايت نتايج نشان داد كه بخش‌هاي آنتي‌ژنيك ژن هيالورونيداز در وكتور pTZ57R/T كلون شده است.
نتيجه‌گيري: توالي مورد توافق به‌دست آمده داراي 868 آمينو اسيد بود كه توالي امينو اسيدي 279 تا 773 به عنوان منطقه با آنتي‌ژنيك بالا به منظور كوتاه كردن توالي با استفاده از نرم‌افزارهاي آنلاين انتخاب شد. در نهايت نتايج نشان داد كه بخش‌هاي آنتي‌ژنيك ژن هيالورونيداز در وكتور pTZ57R/T كلون شده است
چكيده لاتين :
Introduction: One of the main difficulties facing the production of recombinan Streptococcus
pyrogenesisa hyaluronidase enzyme is its high molecular weight. The aim of this study was to predict the
antigenic regions of hyaluronidase protein, the structure of fragment and evaluating the possibility of
cloning the fragment in pTZ57R/T vector by the aid of bioinformatic’s software.
Materials and Methods: Multiple hyaluronidase amino acid sequences were aligned, using Clustal W
method and MegAlign software, followed by BLASTP analysis. Antigenic regions and important epitopes
in consensus sequences were determined by using online softwares ABCpred, BcePred and Emboss. The
tertiary structure of determined antigenic regions was predicted by using TASERI and specified model was
evaluated by using Swiss-PDB Viewer Software. Finally, intended fragment was inserted in pTZ57R/T
vector.
Results: The consensus sequence had 868 amino acids, which the residues 279 to 773 were selected as
prominent antigenic region in order to shorten the sequence by using online software. Finally, the result was
shown as the proper recombination of antigenic region of hyaluronidase gene with pTZ57R/T.
Conclusion: The utilization of bio informatics tools to predict or determine the prominent
antigenepitopic fragments, facilitated the recombinant process due to using the shorter fragments and
generating more effective and specific immune response by the enzyme protein.
