ارزيابي روش هاي بيوشيميايي و مولكولي در تشخيص جدايه هاي ادراري كمپلكس انتروباكتر كلوآكه

Evaluation of biochemical and molecular techniques in the diagnosis of urinary isolates of Enterobacter cloacae

سابقه و هدف: انتروباكترها متعلق به خانواده انتروباكترياسه‌اند كه داراي مشخصات متنوعي از نظر فنوتيپ و ژنو‌تيپ هستند. در مورد انتروباكتركلوآكه، شش گونه مشابه از نظر فنوتيپيك و ژنوتيپيك در يك كمپلكس به عنوان كمپلكس انتروباكتركلوآكه گنجانده شده‌اند و جدايه‌هاي وابسته آن جزء بيش‌ترين جدايه‌هاي عامل ايجاد عفونت‌هاي فرصت‌طلب سخت در بيمارستان مي‌باشند. بر اساس توالي ژن hsp60 در اين كمپلكس 13 خوشه ژنتيكي تعريف كرده‌اند. چون در ايران هيچ‌گونه مطالعه‌اي بر روي اين كمپلكس صورت نگرفته، در اين پژوهش به ارزيابي روش‌هاي تشخيصي اين باكتري‌ها در بين جدايه‌هاي ادراري با دو روش فنوتيپيك (كيت تجاري در دسترس) و ژنتيكي اقدام نموديم. مواد و روش‌ها: در اين پژوهش 74 جدايه ادراري انتروباكتركلوآكه از 6 بيمارستان شهر تهران جمع‌آوري گرديد. جدايه‌ها با استفاده از كيت API20E به عنوان روش مرجع مجدداً تعيين هويت و جهت تاييد نهايي هويت جدايه‌ها از تعيين توالي ناحيه ژني hsp60 استفاده گرديد. يافته‌ها: كيت API 20E در مقايسه با تعيين توالي hsp60، به عنوان روش استاندارد طلايي از حساسيت 88% و ويژگي 60% جهت تعيين گونه‌ها، زير‌گونه‌ها و ژنو‌تيپ‌هاي موجود در كمپلكس انتروباكتركلوآكه برخوردار مي‌باشد. نتيجه‌گيري: بنا به اهميت كمپلكس انتروباكتركلوآكه و نقش ويژه آن‌ها در عفونت‌هاي بيمارستاني و فرصت‌طلب و با توجه به محدوديت پايگاه داده‌هاي كيت API20E در تشخيص اعضاء اين كمپلكس مي‌بايست از تست‌هاي تكميلي و يا روش‌هاي ملكولي كه از دقت و صحت بالاتري برخوردارند، استفاده كرد

Introduction: Enterobacter spp. belongs to the family of Enterobacteriaceae and has a variety of phenotypic and genotypic profiles. Within Enterobacter cloacae complex, six genetically related and phenotypically similar species have been merged and strains belonging to these species are encountered among the most common strains able to cause severe opportunistic infections in hospitalized patients. Sequence analyzing a segment of hsp60 gene belong to this complex have demonstrated 13other genetic clusters. Since this complex is rarely identified in Iran, therefore, we aimed to evaluate the efficiency of phenotypic (commercial routine kit) and molecular methods for detecting this complex in urinary isolates. Materials and Methods: In this study 74 Enterobacter cloacae urinary isolates, collected from 6 large hospitals in Tehran, were characterized by API20E kit and for final approval of diagnosis, hsp60 gene sequencing was performed. Results: Using API20E kit for detecting Enterobacter cloacae in comparison to hsp60 sequencing, as gold standard for determining the species, sub-species and genotypes in Enterobacter cloacae complex, have demonstrated sensitivity and specialty about 88% and 60%, respectively in bacteria detection. Discussion: Considering the importance and particular role of Enterobacter cloacae complex in causing hospital-acquired and opportunist infections and according to limited capability of API20E kit in providing precise analytic data, performance of complimentary tests or molecular methods, such as hsp60 sequencing, with high accuracy and validity, are highly suggested