ارزيابي تنوع ژنتيكي مرغان بومي فارس بر مبناي توالي يابي بخشي از ناحيه D-loop ژنوم ميتوكندري

Analysis of Genetic Diversity in Fars Native Chicken Based on Partial Mitochondrial DNA D-loop Region Sequences

طيور بومي به عنوان ذخاير ژنتيكي ملي مطرح هستند و نگهداري آن ها از نظر حفظ تنوع زيستي بسيار با اهميت است. بررسي ژنوم ميتوكندري در يك نژاد و مقايسه آن با ساير نژادها مي تواند شاخص مناسبي از ميزان تنوع موجود در آن جمعيت را ارائه دهد. اين پژوهش با هدف تعيين توالي بخش بسيار متغير 1(HVR-I) از ناحيه D-loop ژنوم ميتوكندري مرغ بومي فارس صورت گرفت. به اين منظور از تعداد 20 قطعه مرغ بومي فارس به ­طور تصادفي خون گيري انجام شد. پس از استخراج DNA از خون كامل، ناحيه HVR-I با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي تكثير و سپس توالي يابي شد. در كل 12 عدد توالي با كيفيت مناسب به دست آمد. بعد از تجزيه و تحليل توالي­ ها، تعداد 3 هاپلوتيپ از بين توالي هاي مورد بررسي مشخص شد كه داراي 5 جايگاه چند شكلي تك نوكلئوتيدي (SNP) بودند. اين تغييرات به­ طور عمده از نوكلئوتيدهاي شماره 217 تا 446 مشاهده شدند. درخت فيلوژني پس از اخذ توالي هاي مشابه ژنوم ميتوكندري ديگر نژادهاي موجود در بانك جهاني ژن ترسيم شد. نتايج فيلوژني مشخص كرد كه مرغان بومي فارس با مرغان بومي كشور آذربايجان، لگهورن سفيد، مرغ ابريشمي، مرغ جنگلي خاكستري (سونراتي)، پليموت راك پر خط دار، مرغ بومي مرندي و مازندراني ايران در يك دسته قرار دارند. بنابراين مي توان نتيجه گيري كرد كه مرغ فارس ممكن است داراي برخي شباهت هاي ژنتيكي با اين نژادها باشد.

Native chickens are considered as national genetic resources and their conservation is very important from biodiversity aspects. The study of mitochondrial genome in one breed and comparing it with others can be a useful index for genetic diversity in that population. This study carried out for determining the sequences of mitochondrial high variable 1 (HVR-I) of D-loop region in Fars native chicken. Blood samples were collected randomly from 20 birds. After extracting DNA from whole blood, the HVR-I region was amplified using specific primers and then was sequenced. Totally, 12 sequences were obtained properly. After analyzing of the sequences, three haplotypes were identified with 5 single nucleotide polymorphic sites (SNP). These changes were mainly observed from nucleotides 217 to 446. After obtaining similar mtDNA sequence from GenBank, phylogenetic tree was drawn. Phylogenetic results indicated the Fars native chickens were clustered with Azerbaijan native, White Leghorn, Silky, Sonneratii, Barred Plymouth Rock, Iranian Marandi and Mazandarani native chickens. Therefore, we conclude that the Fars chicken might has some genetic similarities with these chicken breeds.