بررسي بيوانفورماتيكي توالي هاي EST سنبله گندم چيني بهاره تحت تنش شوري

تغييرات كاركرد ژنوم تحت شرايط تنش مي‌تواند راهكاري براي درك بهتر سازوكارهاي تحمل به تنش در گياهان باشد. در اين پژوهش سعي شده است تا با بررسي توالي هاي EST دو كتابخانه كنترل و تنش شوري در گندم، تغييرات كاركردي ژنوم در تنش شوري و ژن هاي مؤثر در تحمل به شوري شناسايي شوند. بدين منظور توالي هاي EST از وب گاه هاروارد و Graingenes دريافت شدند. به منظور دسته‏بندي توالي هاي EST، تعيين پروتئين هاي مرتبط با يوني ژن ها (كانتيگ ها و سينگل تون ها)، تعيين گروه هاي كاركردي و آزمون هاي آماري، به ترتيب از بانك اطلاعاتي Egassembler، بلاست وب گاه NCBI، وب گاه مؤسسه ماكس پلانك و نرم افزار IDEG6 استفاده شد. نتايج نشان‌دهنده وجود اختلاف معني دار بين 20 گروه كاركردي در شرايط كنترل و تنش شوري بود. در هر دو شرايط كنترل و تنش شوري، گروه هاي كاركردي پروتئين و RNA بيشترين و گروه هاي كاركردي متابوليسم كربوهيدرات اصلي، تبديل مواد آلي و چرخه كربس كمترين فعاليت كاركردي ژنوم را نسبت به ساير گروه هاي كاركردي ژنوم به خود اختصاص دادند. تحت تنش شوري، فعاليت گروه هاي كاركردي سنتز ATP/ انتقال الكترون ميتوكندريايي، متابوليسم چربي، اكسايش-كاهش، پروتئين، RNA، DNA و سلول افزايش يافت. بنابراين مي‏توان پيشنهاد كرد كه اين گروه هاي كاركردي داراي نقش مهمي در مكانيسم پاسخ به تنش شوري هستند. تجزيه و تحليل بيان ژن‏ها در شرايط كنترل و تنش شوري نشان داد 271 ژن داراي بيان افتراقي معني دار بودند كه در 23 گروه كاركردي مختلف قرار گرفتند. ژن هاي شناسايي شده در اين پژوهش مي توانند جهت دست ورزي ژنتيكي با هدف بهبود تحمل به تنش شوري در گياهان زراعي مورد استفاده قرار گيرند.