شناسايي نشانگرهاي تك نوكلئوتيدي در مرغ بومي فارس با استفاده از روش توالي يابي كل ژنوم

شناسايي تنوعات ساختاري مسئول تفاوتهاي فنوتيپي در حيوانات اهلي از نظر اقتصادي اهميت ويژه اي دارد. يكي از دقيق ترين و جديدترين رويكردهاي مورد استفاده در شناسايي اين تنوعات، استفاده از تكنيك هاي توالي يابي نسل جديد است. در پژوهش حاضر، ژنوم مرغ بومي فارس به منظور شناسايي چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي و حذف و اضافه هاي كوتاه، با استفاده از داده هاي توالي يابي كل ژنوم مورد بررسي قرار گرفت. نمونه هاي مورد بررسي توسط سيستم توالي يابي شركت ايلومينا (Hiseq 2000) مورد تعيين توالي قرار گرفت. پس از بررسي كيفيت داده ها توسط نرم افزار FastQC، همرديفي توالي هاي كوتاه با ژنوم مرجع با برنامه BWA انجام و سپس چند ريختي هاي تك نوكلئوتيدي و حذف و اضافه هاي كوچك به كمك برنامه GATK مشخص شدند. درصد همرديفي توالي هاي كوتاه با ژنوم مرجع بالاي 99 درصد بود. در اين مطالعه 8858153 چند ريختي تك نوكلئوتيدي و 895378 حذف و اضافه كوچك بدست آمد كه كمترين مقدار آن در ناحيه اگزوني مشاهده شد. نتايج نشان داد چندريختي هاي تك نوكلئوتيدي هتروزيگوس فراواني بيشتري نسبت به چند ريختي هاي هموزيگوس دارند كه اين نشان دهنده تنوع زياد جمعيت مورد بررسي است. همچنين باتوجه به پيشينه چند هزارساله اهلي شدن مرغ در ايران، مي توان انتظار داشت كه تطابق پذيري با محيط در جمعيت مورد مطالعه اتفاق افتاده باشد و در نتيجه، تغييرات ژنومي در جهت سازگاري با محيط باعث ايجاد تنوع در جمعيت شده است.