مقايسه روش هاي مختلف لايه بندي جمعيتي گاوهاي سرابي و نجدي با استفاده از نشانگرهاي ژنتيكي متراكم

هدف: تاكنون از روش هاي مختلفي براي بررسي ساختار جمعيتي با استفاده از نشانگرهاي موجود دركل ژنوم (چند شكلي هاي تك نوكلئوتيدي (SNP)) استفاده شده است كه هر كدام نقاط ضعف و قوتي دارند. در پژوهش حاضر از خوشه بندي شبكه اي بدون نظارت يا SPC كه روشي مبتني بر داده كاوي است، براي بررسي ساختار جمعيت گاوهاي سرابي و نجدي استفاده شد. مواد و روش ها: جمعيت مورد مطالعه 424 رأس گاو شامل 213 رأس گاو نجدي و 211 رأس گاو سرابي بود كه باChip 40 K v 2 Illumina Bead براي نشانگرهاي تك نوكلئوتيدي تعيين توالي شدند. براي تجزيه ساختار جمعيت از بسته ي نرم افزاري (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD استفاده شد. بعد از ويرايش داده ها، 27859 نشانگر اتوزومي تجزيه و تحليل شدند. نتايج: خوشه بندي بر اساس شباهت ها و تفاوت هاي نوكلئوتيدها، منجر به طبقه بندي دو جمعيت پايه و نه زير جمعيت شد. نتيجه گيري: در مقايسه با ساير روش هاي موجود براي لايه بندي جمعيت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نياز به فرض هاي پيشين، كارايي مناسبي جهت تجزيه و تحليل ساختار جوامع دارد.