شناسايي miRNA‎ها و ژن‎هاي هدف مرتبط با آنها در گياه شبدر قرمز (Trifolium pratense)

ميكروآرنا‎ها (miRNA) يك رده از RNA‎هاي تنظيم‎كننده كوچك دروني و غيركدكننده پروتئيني كه متشكل از حدود 18-22 نوكلئوتيد بوده و تنظيم بيان ژن را در سطح رونويسي و پس از رونويسي ژن بر عهده دارند و طبق تحقيقات انجام شده نقش‎هاي اساسي در فرايندهاي نموي، زمان گلدهي و پاسخ به تنشهاي زيستي و غيرزيستي ايفا مي‎كنند. تاكنون روش‎هاي متفاوتي براي شناسايي miRNA‎ها، معرفي شده است كه عبارتند از: روش نورترن بلات، ريزآرايه، qRT-PCR و روش‎هاي بيوانفورماتيكي. در اين ميان ساده‌ترين و كم‌هزينه‎ترين روش شناسايي miRNA‎ها، روش بيوانفورماتيكي مي‎باشد. در اين مطالعه با يك رويكرد بيوانفورماتيكي با هدف شناسايي miRNA متمايز در گياه شبدر قرمز مبتني بر جستجوي همولوژي بين EST‎هاي گياه شبدر قرمز و miRNA‎ها انجام شد. به‎طوري‌كه ابتدا در آن همه توالي‎هاي EST‎هاي گياه شبدر قرمز از بانك اطلاعاتي NCBI در برابر miRNA‎هاي شناخته شده BLASTn شدند كه در نهايت يك miRNA كانديد متمايز در گياه شبدر قرمزشناسايي شد. در مجموع شش ژن هدف پيش‎بيني شده براي اين miRNA نيز شناسايي شد و اين ژن‎هاي هدف عمدتا كدكننده مونود هيدرو اسكوربات ردوكتاز1 ) برقراري تعادل گونه‎هاي فعال اكسيژن در چرخه اسكورباتگلوتاتيون(، پروتئين FES1 )يك پروتئين حاوي دومين انگشت روي چسبنده به DNA)، پروتئين RHF2A )يوبي كوئيتين ليگاز E3 دخيل در پيشبرد گامتوژنز(، RNA هليكاز وابسته به ATP )تعمير و متابوليسم RNA)، پروتئين‎هاي انتقالي MFS )تسهيل‎كننده حركت املاح كوچك از عرض غشاي سلولي در پاسخ به گراديانت شيمواسمزي( و در نهايت پروتئين AT-hook )يك موتيف متصل شونده به (DNA نيز بودند.