مقايسه عملكرد ابزارهاي سرهم‌بندي ترنسكريپتوم در گياه زعفران زراعي (Crocus sativus L.)

زعفران گياه دارويي و ادويه‌اي ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به‌عنوان منبع غني از آپوكاروتنوئيدها در جهان محسوب مي‌شود. به دليل سايز بزرگ و پيچيدگي ژنوم زعفران توالي‌يابي آن به‌عنوان چالش مطرح است. با ظهور تكنيك‌هاي توالي‌يابي نسل بعد، توالي‌يابي RNA به‌عنوان منبع غني مطالعات بيولوژيكي توسعه يافته ‌است. سرهم‌بندي ترنسكريپتوم ها از تعداد بي‌شمار خوانش‌هاي كوتاه منبعي غني براي مطالعه گونه‌هايي كه ژنوم مرجع آن‌ها در دسترس نيست فراهم مي‌كند. اما سرهم‌بندي قرائت ها و رسيدن به نتيجه مطلوب به‌ويژه براي گياهان پلي پلوئيد همواره يك چالش بزرگ محسوب مي‌شود. در اين مطالعه كارايي ابزارهاي مختلف سرهم‌بندي با توجه به فاكتورهايي هم چون طول N50، تعداد كل يوني ژن‌ها و درصد هم‌رديفي مورد مقايسه قرار گرفتند. نتايج نشان داد كه Bridger به‌عنوان ابزاري بهتر جهت سرهم‌بندي قرائت هاي ترنسكريپتوم زعفران است كه مي تواند سرهم بندي بر اساس پارامترهاي تعداد ترنسكريپت ها، طول N50، اندازه كل سرهم بندي و درصد هم‌رديفي قرائت ها به ترنسكريپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترين درصد درهم ريختگي را نشان مي دهد كه منجر مي شود اعضاي مختلف يك خانواده ژني كه شباهت بالايي به يكديگر دارند در يك ترنسكريپت سرهم بندي شوند. نتايج حاصل از اين تحقيق مي‌تواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهم‌بندي و توسعه ابزارهاي موجود راهكارهايي را ارائه نمايد.