مقايسه تنوع ميكروبي دوغ گوسفندي عشاير ناحيه سومار به كمك روش هاي نسل جديد توالي‌يابي و مولكولي وابسته به كشت

برخي مردم نگران مصرف مواد غذايي ارگانيكي هستند كه احتمالا توسط ريزسازواره هاي بيماري زا آلوده شده اند، زيرا برخي از اين مواد غذايي تحت شرايط بهداشتي ضعيف توليد مي شوند. هدف از اين مطالعه ارزيابي كيفيت بهداشتي دوغ گوسفندي از عشاير سومار و شناسايي كل جامعه ميكروبي آن به‌خصوص باكتري هاي اسيد لاكتيك مي باشد. مجموع 40 باكتري اسيد لاكتيك از 3 نمونه دوغ گوسفندي جدا گرديد. اين جدايه ها براساس روش مولكولي وابسته به كشت، توسط تكثير ژن 16S rRNA با پرايمرهاي يونيورسال27F و 1492R و توالي‌يابي، به‌صورت Lactobacillus apis 20% Lactobacillus ultunensi,10% Pediococcus argentinicus, 10% و Lactobacillus delbrueckii 40% شناسايي گرديدند. اين شناسايي توسط روش مولكولي مستقل از كشت براساس نسل جديد توالي يابي آمپليكون هاي ژن 16S ribosomal RNA كامل شد. نواحي V3 و V4 از ژن 16S rRNA تكثير شد و توسط پلتفرم Illumina MiSeq توالي‌يابي گرديد. اين داده ها با نرم‌افزار BaseSpace و بانك اطلاعاتي greengenes آناليز گرديد. جامعه ميكروبي دوغ گوسفندي برپايه نسل جديد توالي يابي در سطح جنس به‌صورت 94.08% Lactobacillus، 1.07% Pediococcus، 0.33% Streptococcus، 0.20% Enterococcus، 0.11% Candidatus Blochmannia، 0.11% Alkalibacillus، 0.06% Cohnella و 3.02% باكتري غيرقابل طبقه بندي شناسايي شدند. در سطح گونه به‌صورت 24.82% Lactobacillus equicursoris، 51.81% Lactobacillus delbrueckii، 3.61% Lactobacillus apis، 2.79% Lactobacillus ultunensis، 0.86% Lactobacillus taiwanensis، 0.85% Lactobacillus gigeriorum، 0.42% Pediococcus argentinicus و 13.64% باكتري غيرقابل طبقه بندي شناسايي شدند. روش نسل جديد توالي‌يابي در شناسايي تنوع ميكروبي دوغ صحيح تر و بهتر شناخته شد. نتايج نشان داد دوغ گوسفندي عشاير سومار از كيفيت ضعيف بهداشتي برخوردار است اما هيچ باكتري بيماري زايي در اين محصول شناسايي نگرديد.