تعيين توالي كامل RNA2 يك جدايه از ويروس موزاييك كدو (SqMV) از استان خراسان جنوبي در ايران

ويروس موزاييك كدو (Squash mosaic virus, SqMV)، تقريبا در تمامي نقاط كشت اين محصول در دنيا گسترده بوده، و يكي از عوامل مهم خسارت و كاهش بازارپسندي اين محصول مي‌باشد. به منظور شناسايي و بررسي برخي از خصوصيات مولكولي ويروس موزاييك كدو، در سال 1394 از مزارع عمده كشت خربزه در استان خراسان جنوبي، تعداد 62 نمونه برگي داراي علائم جمع‌آوري شد. نمونه‌هاي جمع‌آوري شده توسط آزمون مولكولي amp;nbsp;RTPCRمورد بررسي قرار گرفتند .در اين آزمون با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي طراحي شده مربوط به پروتئين پوششي، قطعه‌اي به طول bp1900 جهت شناسايي نمونه‌هاي آلوده تكثير گرديد. سپس از بين نمونه‌هاي آلوده، يك نمونه (شهرستان طبس) انتخاب، و با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي طراحي شده، RNA2 ويروس به طول 3271 جفت باز، طور كامل تعيين توالي گرديد. RNA2 ايزووله طبس داراي يك ORF بوده كه با AUG121 آغاز و در UAG3148 پايان يافته و پلي پروتئيني به طول 1009 آمينواسيد را كد مي‌كند. مقايسه توالي پلي پروتئين RNA2 بدست آمده با جدايه‌هاي موجود در بانك ژن نشان داد، كه جدايه تعيين توالي شده داراي بيشترين درصد تشابه در سطح نوكلئوتيدي (45/88 درصد) و آمينو اسيدي (59/90 درصد)، با جدايه‌اي از استراليا (شماره دسترسي MF166754) بوده و كمترين درصد تشابه آن در سطح نوكلئوتيدي (82/86 درصد) با جدايه‌اي از ژاپن (شماره دسترسي NC_003800) و در سطح آمينواسيدي (36/86 درصد) با جدايه اسپانيا (شماره دسترسي KP223324)، بود. بررسي‌هاي فيلوژنتيكي جدايه‌هاي SqMV را در دو گروه مجزا قرار داد كه جدايه خراسان جنوبي طبس دركنار جدايه‌هايي از چين (EU 421060)، آريزونا (AF059532) و اسپانيا در يك زيرگروه قرار گرفت كه نشان‌دهنده قرابت اين جدايه‌ها با يكديگر است.