ارزيابي راندمان تعدادي از ژن‌هاي مرجع در آلوروپوس تحت شرايط تنش شوري

Validation of some of Housekeeping Genes in Aeluropus littoralis under Salinity Stress

استفاده از گونه‌هاي وحشي گياهان زراعي يا خويشاوندان هالوفيت آن­ها در برنامه‌هاي اصلاحي به­منظور توسعه ارقام زراعي متحمل به شوري و خشكي مي‌تواند نتايج مفيدي را به دنبال داشته باشد. اخيرا گياه آلوروپوس به­عنوان يك مدل هالوفيت براي شناسايي و جداسازي ژن‌هاي جديد متحمل به شوري مورد توجه محققان قرار گرفته است. در ميان روش‌هاي مورد استفاده براي مطالعات بيان ژن، واكنش زنجيره‌اي پلي‌مراز زمان واقعي يكي از روش‌هاي مناسب براي ارزيابي ميزان بيان ژن است. در اين روش كنترل خطا بين نمونه‌ها ضروري به نظر مي‌رسد. روشي كه به صورت گسترده براي كنترل خطا مورد استفاده قرار مي‌گيرد، نرمال كردن سطوح RNA با يك ژن مرجع يا خانه‌دار مي‌باشد. در اين تحقيق به­منظور بررسي پايداري بيان ژن‌ها در اندام‌هاي برگ و ريشه گياه آلوروپوس، 7 ژن مرجع تحت شرايط تنش شوري مورد بررسي قرار گرفت. نتايج حاصل از تجزيه و تحليل داده‌ها با استفاده از نرم­افزار geNorm نشان داد كه ژن‌هاي ACT11، Beta actin و Beta tubulin در برگ و ژن‌هاي Beta tubulin و Beta actin در ريشه داراي بيشترين ميزان پايداري هستند. بر اساس آماره توصيفي ژن ACT11 داراي بيشترين همبستگي (836/0 و 722/0 به ترتيب در ريشه و برگ) با شاخص BestKeeper بود. همچنين با توجه به نتايج اين برنامه، ژن‌ Beta tubulin در برگ و ريشه داراي بيشترين پايداري (كمترين ضريب تغييرات) بود. بنابراين مي‌توان عنوان كرد كه ژن‌هاي Beta tubulin، Beta actin و ACT11 مي‌توانند به­عنوان ژن‌هاي مرجع مناسب در گياه آلوروپوس به­منظور نرمال‌سازي داده‌هاي بياني مورد استفاده قرار بگيرند.

Application of wild type crops or wild relatives’ cultivars that are halophyte in plant breeding program would provide better results in order to develop cultivars that are resistant toward drought as well as salinity. Recently, Aeluropus littoralis has attracted the attention of researcher in order to identify novel genes and their regulatory elements that are involved in salinity stress. Currently, Quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR) is one of the best and sensitive techniques in order to determine the expression profiling of genes in plants. In this method, normalizations of the obtained data with appropriate housekeeping genes are certainly crucial. In the current research, the efficiency of seven reference genes to be employed in the normalization of the data was investigated. Statistical analysis of the data was done via geNorm program and it was demonstrated that the ACT11, Beta Actin and Beta tubulin and Beta tubulin and Beta Actin were constitutively expressed in leaf as well as roots, respectively. Based on the gained results through Best Keeper, the ACT11 poses the highest correlations with the BestKeeper (0.836 and 0.722 in leaf and root respectively). Additionally, it was shown that the Beta tubulin has the lowest coefficient variation in term of expression in root and leaf. Taken together, it was evidently demonstrated that the ACT11, Beta Actin and Beta tubulin are the best reference gene to be employed for the normalization of expression data in the Aeluropus littoralis.