ارزيابي قابليت نشانگرهاي رتروترانسپوزون در بررسي تنوع ژنتيكي برخي جمعيت‌هاي تربچه

Evaluation of the Ability of Retrotransposon Markers to Study the Genetic Diversity in some Populations of Radish (Raphanus Sativus)

تربچه از تيره شب‌ بويان، داراي موادي از جمله سنوول، مالوين كلرايد، ساپوژنين، سولفورافان و رافانين بوده و از خواص درماني متعددي برخوردار است. در تحقيق حاضر تنوع ژنتيكي 7 جمعيت تجاري/بومي گـياه دارويي تربچه با استفاده از نشانگر رتروترانسپوزوني IRAP بررسي شد. آغازگر تركيبي LTR2 & LTR15 با 1 باند كمترين تعداد و آغازگر LTR23 با 16 باند بيشترين تعداد را در ميان باندهاي توليدي توسط هر آغازگر داشتند. ميانگين تعداد باند در كل جايگاه­ ها برابر 93/6 بود. بيشترين ميزان شاخص چندشكلي (41/0) مربوط به آغازگر Sukkula و كمترين ميزان شاخص چندشكلي (18/0) مربوط به آغازگر LTR2- LTR15 و با ميانگين كل 28/0 مشاهده گرديد. بيشترين ميزان شاخص نشانگري (1/4) مربوط به آغازگر LTR3 و كمترين ميزان شاخص نشانگري (18/0) مربوط به تركيب آغازگري LTR15 & LTR2 مشاهده گرديد. بيشترين ميزان تعداد باند مؤثره، شاخص تنوع شانن و شاخص تنوع ني به ترتيب 82/1، 64/0 و 45/0 متعلق به آغازگر Sukkula و كمترين ميزان تعداد باند مؤثره، شاخص تنوع شانن و شاخص تنوع ني به ترتيب 18/1، 27/0 و 15/0 متعلق به آغازگــر rtdk بود. در بيــن جمعيت ­هاي تربچه بيشترين درصد مكان چندشكل، تعـداد باند مؤثره، شاخـص تنـوع ني و شاخص تنوع شانن به تـرتيـب 85/46، 05/1، 17/0 و 26/0 متعلق به جمعيت Profit بود. تغييرات درون و بين جمعيت‌ها با استفاده از تجزيه واريانس مولكولي نشان داد كه 59 درصد كل تغييرات ژنتيكي به تنوع درون جمعيت‌ها اختصاص داشت. نتايج اين تحقيق نشان داد كه مي­ توان از جمعيت Profit (چون داراي بيشترين درصد چندشكلي و تنوع شانن و ني و تعداد باند موثره بوده) به‌عنوان يكي از پايه‌هاي پدري يا مادري و يا دهنده ژن انتخاب در اصلاح تربچه ­هاي ايران استفاده كرد

Radish belonging to the Brassicaceae family, contains some componds such as cineol, malvin Chloride, Sapogenin, Sulforaphane and Raphanin and has many therapeutic properties. In this study, IRAP retrotransposon marker was used for evaluation of genetic diversity in seven commercial and native populations of Radish herb. The least number of bands (1) were produced by LTR2 & LTR15 (primer combinations) and the highest number, (16) were produced by LTR23 primer. The mean number of bands in all sites was 6. 39. the most diversity index (0.41) was found for Sukkula primer and the least diversity index (0.18) was related to LTR2-LTR15 primer and also the mean diversity index was 0.28. The highest marker index (4.1) was related to the LTR3 primer and the least marker index (0.18) was related to the LTR15 and LTR2 primer combination. The most number of effective bands, the Shanoon diversity index and the Nei diversity index were 1.82, 0.64 and 0.45, respectively and all belonged to Sukkula primer. The least number of effective bands, the Shanoon diversity index and the Nei diversity index were 1.18, 0.27 and 0.15, respectively belonged to the rtdk primer. Among radish populations, the most percentage of polymorphic location, effective band, the Shanoon diversity index and the Nei diversity index were 46.85, 1.305, 0.17 and 0.26, respectively. Molecular variance analysis among and between populations showed that 59% of the total genetic diversity was among populations. The results of this study showed that the population of Profit could be used as a parent or maternal parent or gene selection provider in Iran's radish breeding, since it showed the most polymorphism, the Shanoon diversity index and the Nei diversity index and number of effective bands.