تعيين ژنوتيپ‌هايDRB3 از مجتمع عمده پذيرش بافتي گاوميش با روش تحليل دقيق دماي شكافت

Genotyping of buffalo major histocompatibility complex DRB3 genes using high resolution melting point analysis

مجتمع عمده­ي پذيرش بافتي (MHC) نقشي مهم در پاسخ‌هاي ايمني دارد و تنوع مولكول‌هاي آن با توانايي شناخت و پاسخ به پپتيدهاي بيگانه مرتبط است. در ميان ژن‌هاي MHC گاوسانان، ژنوتايپينگ DRB3 براي بررسي‌هاي ژنتيك جمعيت و ارتباط MHC با صفات ايمني و صفات توليدي كاربرد بيش­تري دارد. در اين تحقيق اگزون دوم ژن Bubu-DRB3 با روش واكنش زنجيره‌اي پليمراز افزوده شد و سه روش تحليل دقيق دماي شكافت (HRM)، تحليل الگوهاي برش آنزيمي (RFLP) و تعيين توالي مستقيم براي تعيين ژنوتيپ DRB3 گاوميش مورد استفاده قرار گرفتند تا امكان استفاده از روش HRM و يا جايگزيني آن با ساير روش‌‌ها مورد ارزيابي قرار گيرد. نتايج نشان داد كه روش HRM با نتايج تعيين توالي و RFLP تطابق دارد و مي‌توان از آن براي ژنوتايپينگ ژن DRB3 گاوميش بهره برد. به نظر ميرسد استفاده از روش تحليل دقيق دماي شكافت كاربرد زيادي در بررسي تنوع ژن‌هاي MHC پيدا كند. اگر چه با اين روش نمي‌توان آلل‌هاي هر كرومزوم را تشخيص داد ولي با توجه به ماهيت هم‌بارز ژن‌هاي MHC، نتايج آن براي بررسي تنوع و ارتباط ژنوتيپ با فنوتيپ ايمني قابل قبول خواهد بود.

Major histocompatibility complex (MHC) play a major role in immune responses. Polymorphisms at MHC molecules are associated with the recognition and response to non-self-peptides. Among Bovinae MHC genes, DRB3 is currently used for population genetic and disease association studies. In the present study, the second exon of Bubu-DRB3 was amplified by polymerase chain reaction (PCR), and polymorphisms were detected by three methods of High-resolution melting (HRM), restriction fragment length polymorphisms (RFLP) and direct sequencing. We aimed at genotyping of buffalo DRB3 gene, investigating the feasibility and compatibility of HRM with the current methods. Results of HRM analysis was in concordance with RFLP and direct sequencing. HRM analysis can be used as an analytical method for a large number of buffalo samples. We have concluded that HRM analysis can be used for genotyping of DRB3 and MHC diversity as well as genotype and phenotype association studies. However, lack of allelic discrimination is a notable limitation in HRM method.