پويش ژنومي نشانه هاي انتخاب در اسب نژاد كرد

Genomic Scan of Selective Signature in Kurd Horse

انتخاب جهش­هاي مفيد در برخي جمعيت­ ها سبب به ­جا گذاشتن نشانه­ هايي در سطح ژنوم مي­ شود. به ­دليل ارتباط اين مناطق با صفات مهم اقتصادي شناسايي اين مناطق از ژنوم از موضوعات مهم در پژوهش ­هاي ژنتيك حيواني است. اين پژوهش با هدف شناسايي مناطق ژنومي حامل نشانه ­هاي انتخاب در اسب نژاد كرد با استفاده از ريزآرايه نانويي اسب 70K انجام شد. تعداد 28 رأس اسب نژاد كرد از مناطق مختلف كردستان و كرمانشاه انتخاب، بعد از خونگيري و استخراج DNA، تعيين ژنوتيپ شدند. جهت جستجوي نشانه‌‌هاي انتخاب از دو آزمونEHH و iHS در محيط R و با استفاده از بسته نرم ­افزاري rehh استفاده شد. به­ منظور بررسي ژن­ ها و QTLهاي احتمالي در مناطق كانديداي انتخاب، از پايگاه داده­ هاي نشانگر تك نكلئوتيدي اسب و پايگاه QTL حيوانات استفاده شد. با استفاده از آماره iHS، 9 منطقه ژنومي روي كروموزوم‌‌هاي 11، 7، 5 و 15 به­ عنوان مناطق كانديداي نشانه انتخاب، شناسايي شد. جهت ارزيابي اثر انتخاب در اين مناطق از آماره EHH به ­همراه بررسي دياگرام‌‌هاي شاخه‌‌ بندي هاپلوتيپي و بررسي طول LD استفاده شد. روي كروموزوم­ هاي 7 و 11 مناطقي به ­عنوان مناطق حامل نشانه ­هاي انتخاب مثبت شناسايي شده و مناطق ژنومي روي كروموزوم ­هاي 5 و15 علي ­رغم فراواني بالاي آللي اثري از انتخاب مثبت اخير در اين نواحي ژنومي مشاهده نشد و آلل­ ها به ­عنوان آلل­ هاي رايج و قديمي مشاهده شد. در اين مناطق تعدادي ژن و QTL شناسايي شد كه در زمينه فعاليت عضلاني، سيستم ايمني و فعاليت­ هاي درون سلولي فعاليت دارند. بنابراين، اين مناطق از ژنوم اسب كرد احتمالاً هدف انتخاب مثبت بوده است.

The selection of useful mutations in some populations will leave footprints at the genome level. Because of the link between these regions and important economic traits, genomics is one of the important issues in animal genetic research. The aim of this research is to identify regions of the genome which carrier signature of selection in Kurd horse using 70kb SNP markers. 28 horses selected from the different area of Kurdistan and Kermanshah, after collected sample, DNA extracted, they were genotyping. To detect footprint of signal selection, extended haplotype homozygosity (EHH) and integrated Haplotype Score (iHS) was used. The using of iHS statistics, 9 genomic regions on chromosomes 5,7,11 and 15 as regions candidate of footprint selection, identified. For the detect effect of selection on this region, used of EHH as well as investigate of bifurcation diagram of haplotype and LD. In order to evaluate the possible genes and QTLs in selected candidate regions, used of the horse SNP databases (HSDB) and the QTL of the animals. The regions on 7 and 11 chromosomes were observed as candidate positive selection while in other regions (chromosomes 5 and 15), notwithstanding allele frequency, it wasn’t affected positive selection so these alleles were the common and old alleles. In these regions, a number of genes and QTLs were identified that are active in the muscle, immune system and intracellular activity. Therefore, these genomic regions of Kurd horse, probability were targeted positive selection.