شناسايي برخي گونه هاي كاردامينه در ايران با استفاده از نشانگر ملكولي ITS

Identification of some Iranian cardamine species using the ITS molecular marker

جنس Cardamine L از خانواده Brassicaceae با بيش از 200 گونه در جهان و 7 گونه در ايران با توجه به تنوع كاريولوژي و مورفولوژي بالا، گياه مناسبي براي بررسي هاي فيلوژنتيكي و تكامل مي باشد. گونه كاردامينه هيرسوتا از اين جنس بتازگي بعنوان گياهي مدل در مطالعات مقايسه اي تكاملي معرفي شده است. اين گياه از هفت منطقه مختلف ايران جمع آوري و پس از استخراج DNA ي برگي، ناحيه ITS آنها با استفاده از پرايمر هاي ITS4 و ITS5 تكثير و سپس تعيين توالي گرديد. توالي ها با استفاده از نرم افزار مگا 7 مورد آنالير فيلوژنتيك قر ار گرفتند و از طريق مقايسه نتايج بلاست و درخت فيلوژنتيكي، گونه هاي C.hirsuta C.flexuosa, C.tenera,و C.uliginosa شناسايي گرديدند. همچنين با استفاده از دو اكوتيپ اروپايي مشخص از گونه هيرسوتا به عنوان شاهد (آزروس و اكسفورد تهيه شده از موسسه ماكس پلانك)، نتايج حاصل تاييد گرديد. يافته هاي اين پژوهش، علاوه بر تاييد حداقل چهار گونه كاردامينه در ايران، كارآمدي نشانگر ITS را در تفكيك گونه هاي مختلف جنس كاردامينه بخوبي نشان داد.

The genus Cardamine L. in Brassicaceae comprises about 200 species in the world and 7 species in Iran. It has great morphological and karyological diversity and complex evolutionary history. This plant was collected from six different parts of Iran. The identity of these species was further explored by DNA extraction from young leaves and amplification of the nuclear ribosomal DNA (nrDNA) internal transcribed spacer (ITS) region by ITS4 and ITS5 primers. The amplified DNA was sequenced via Takapozist Company. Phylogeny reconstructions were performed using MEGA7 software. Blast and phylogeny analysis identified the collected plants as C.hirsuta C.flexuosa, C.tenera and C.uliginosa. Two known europian ecotypes of C. hirsuta (azureus and oxford from Max Planck Institute) were used as control which confirmed the outcome. These results not only confirmed the presence of at least four Cardamine species in Iran but also showed the effectiveness of ITS marker in identification of different species in the genus Cardamine.