بررسي تنوع ژنتيكي گرازهاي وحشي ايران بر اساس توالي‌هاي ناحيۀ كنترل ميتوكندري

Genetic Diversity of Wild Boar Populations from Iran based on Mitochondrial DNA Control Region Sequences

مديريت و حفاظت از حيات وحش نيازمند داشتن تصويري جامع از تنوع و تغييرپذيري ژنتيكي در ساختارهاي جغرافيايي است. هدف پژوهش حاضر، بررسي تنوع ژنتيكي جمعيت‌هاي گراز وحشي در ايران با استفاده از يك قطعۀ 572 جفت بازي از ناحيۀ كنترل ميتوكندريايي در نظر گرفته شد. به اين منظور، تعداد 29 نمونه متعلق به جنوب كشور توالي‌يابي شد؛ همچنين 75 توالي ديگر كه به مناطق مختلف ايران مربوط بودند از بانك ژن استخراج شدند. بر اساس تحليل‌ها، چهار كلاد جهاني متعلق به گراز وحشي شامل كلادهاي شرق نزديك 1 (NE1)، شرق نزديك 2 (NE2)، اروپايي و آسيايي در ايران حضور دارند و كلادهاي اروپايي و NE1 به‌ترتيب كمترين و بيشترين پراكنش را به خود اختصاص مي‌دهند. حضور هم‌جاي كلادها در مناطق مختلف كشور از مهم‌ترين جنبه‌هاي درخور توجه است. شمال‌غربي كشور منطقۀ تماس كلادهاي اروپايي و آسيايي در نظر گرفته مي‌شود. بر اساس يافته‌ها، تعداد 20 هاپلوتايپ در 104 توالي از ايران شناسايي شد. تنوع هاپلوتايپي و تنوع نوكلئوتيدي در نمونه‌هاي ايران به‌ترتيب حدود 882/0 (انحراف معيار= 014/0) و 0145/0 (انحراف معيار= 00047/0) محاسبه شد. بر اساس تحليل AMOVA، اختلاف ژنتيكي بين كلادها (84/82 درصد) بيش از اختلاف ژنتيكي داخل اين كلادها بود؛ علاوه‌بر‌اين، نمايۀ FST نيز وجود ساختار ژنتيكي معناداري را بين كلادها تأييد كرد. هيچ‌يك از نمايه‌هاي Fu’s FS و Tajima’s D، نشانه‌هاي مشخصي از وجود گسترش جمعيت‌شناختي ناگهاني در كلادهاي گراز وحشي متعلق به ايران را تأييد نكردند.

Wildlife management and conservation requires a comprehensive picture of genetic variation and variability in geographic structures. The purpose of the present study was to assess the genetic relationship and diversity of Iranian wild boar populations by analyzing a 572 bp fragment of mtDNA control region. To this end, a dataset was created using our sequences (29 wild boar) together with additional 75 sequences (from the south of Iran) downloaded from GenBank. Our analyses identified four distinct maternal clades within Iranian wild boars including Near East 1 (NE1), Near East 2 (NE2), Asiatic, and European. The European and NE1 clades have the smallest and largest geographical ranges in Iran, respectively. Furthermore, all of the clades are sympatrically distributed in the northwest of the country that this area could be considered as the contact zone of the four clades. According to the results, a total of 20 haplotypes were identified among the 104 sequences belonging to wild boars from Iran. The haplotype and nucleotide diversities were estimated as about 0.882 (±0.014) and 0.0145 (±0.00047), respectively. The AMOVA results of the Iranian clades demonstrated that the proportion of variation among clades (82.84%) was higher than the variation within them (17.16%). Also, the fixation index (FST) confirmed a significant genetic structure among the boar clades. Our findings revealed no evidence for a recent demographic expansion in the Iranian wild boars.