تمييز آلل هاي MHC سگ (DLA-DRB1) با روش تحليل دقيق دماي شكافت DNA

Discrimination of dog MHC (DLA-DRB1) alleles by high-resolution melt analysis

زمينه مطالعه: نقش مهم مولكولهاي مجتمع عمده پذيرش بافتي (MHC) اتصال به پپتيد‌هاي پادگني و عرضه آن‌ها به لنفوسيتهاي T است. از اينرو تنوع MHC با حساسيت و يا مقاومت در برابر بسياري از بيماريهاي عفوني و بيماري هاي خودايمن مرتبط است. يك روش نوين بررسي تنوع ژنتيكي، تحليل دقيق دماي شكافت (HRM-High Resolution Melting) DNA است كه مي توان آنرا براي بررسي تنوع MHC به كار برد. هدف: تمييز آلل هاي MHC سگ (DLA-DRB1) با روش تحليل دقيق دماي شكافت DNA روش كار: تعداد 40 نمونه خون از سگ هاي ارجاعي به بيمارستان دامهاي كوچك دانشكده دامپزشكي دانشگاه تهران جمع آوري گرديد. پس از استخراج DNA و افزوده سازي اگزون دوم ژن DLA-DRB1، تحليل HRM و منحني ذوب صورت گرفت. براي تطبيق الگوهاي HRM با توالي نوكلئوتيدي آلل ها، از روش تعيين توالي مستقيم استفاده شد. نتايج: بر اساس تنوع مشاهده شده در نتايج HRM و منحني ذوب، 40 نمونه به 8 ژنوتيپ (A تا H) قابل تقسيم بندي بودند. بيشترين فراواني مربوط به تيپ A (00/25 %) و سپس تيپ C و E (هر كدام 00/15 %) بود. در مجموع 5/82 % نمونه ها هتروزيگوت و 5/17 % نمونه ها هوموزيگوت بودند. نتيجه گيري: مطالعه حاضر اولين مطالعه اي است كه براي تايپيگ آللهاي ژن DLA-DRB1 از تكنيك HRM استفاده شده است. تطبيق نتايج HRM با توالي آلل ها نشان داد كه اين روش ميتواند براي تفكيك آللهاي DLA-DRB1 به كار رود.

BACKGROUND: The function of molecules of major histocompatibility complex (MHC) is to bind antigenic peptides and display them on the cell surface for recognition by T cells. MHC polymorphism is related to suseptibility or resistance to immune-mediated and infectious diseases. High Resolution Melt (HRM) analysis is a novel and powerful technique in molecular biology for the detection of genetic polymorphisms and can be used for discrimination of MHC alleles and genotyping. OBJECTIVES: Discrimination of dog MHC alleles (DLA-DRB1) by high-resolution melt analysis. METHODS: Forty blood samples were collected from dogs referred to Small Animal Teaching Hospital of faculty of veterinary medicine, University of Tehran. After DNA extraction and amplification the exon 2 of DLA-DRB1, HRM and Melt Curve analysis was carried out. Direct sequencing was used for checking the HRM patterns. RESULTS: Following the HRM and Melt curve analysis, forty samples could be classified into 8 genotypes (A to H). Most frequent was A (25.00%) and then C and E (each one 15.00%). In total, 82.5% and 17.5% of samples were heterozygote and homozygote, respectively. CONCLUSIONS: In this study, the HRM technique was used for DLA-DRB1 gene alleles typing for the first time. Confirmation HRM results through sequencing results revealed that HRM can be used for discrimination of DLA-DRB1 alleles.