مدل بندي مسأله هضم جزئي بصورت مساله شبكه جريان

نگاشت نقاط مرزي يكي از مسائل جالب توجه در زيست شناسي محاسباتي به شمار مي‌رود. يك رشته DNA به صورت دنباله‌اي از حروف A, T, C, G مي‌باشد. هنگامي كه يك آنزيم محدود كننده به يك محلول DNA اضافه مي‌شود، مولكول DNA از مكان‌هاي خاصي بريده مي شود. هدف از نگاشت نقاط مرزي پيدا كردن نقاط برش براي يك آنزيم معين است. در روش هضم جزيي، برشها طوري انجام مي‌شود كه فاصله دو به دوي همه نقاط برش حاصل شود. در بيان رياضي مساله، فاصله دو به دوي n نقطه واقع بر يك پاره خط داده شده است و هدف بدست آوردن خود اين نقاط است. در بيوانفورماتيك اين مساله به مساله هضم جزيي معروف شده است. در اين مقاله يك مدل شبكه جريان تعميم يافته براي مساله ارايه مي‌دهيم. با توجه به اينكه كلاس پيچيدگي اين مساله يكي از قديمي‌ترين و مهمترين مسايل باز در بيوانفورماتيك نظري است(تاكنون نه الگوريتمي با زمان چند جمله اي و نه اثباتي بر Npcomplete بودن آن ارايه شده است)، كاهش مساله هضم جزيي به مساله شبكه جريان دريچه جديدي را براي چالش با اين مساله مي‌گشايد.